2006年農業綜合開發認真貫徹落實中央1號文件精神，抓住提高農業綜合生産能力和促進農民增收兩個關鍵，圍繞建設社會主義新農村的目標，貫徹"多予少取"方針，加大投入力度，做好"以糧食主産區為重點，著力改造中低産田和中型灌區節水配套改造"和"以財政資金投資參股經營為重點，積極扶持産業化經營"兩篇文章。
一、貫徹"多予少取"方針，加大投入力度
2006年，農業綜合開發共投入資金366.4億元，其中中央財政資金112.5億元（含利用外資折合人民幣7.5億元；預算內安排資金105億元，比上年增加8億元，增長了8.25%），帶動地方財政配套投入74.1億元，引導農民籌資投勞、銀行貸款、企業自籌資金等179.8億元。
在"多予"的同時，還堅持"少取"。推出了核減土地治理項目有償資金債務方案，確定從2006年－2009年，用4年時間，逐步核減2004年以前投入到農業綜合開發土地治理項目中的有償資金債務44.86億元（從2004年起，農業綜合開發取消了土地治理項目中央財政資金10%的有償投入，改為全部無償投入）。核減範圍涉及13個糧食主産區及財力狀況較差的12個中西部省份、新疆生産建設兵團和福建省，重點核減這些地區糧食主産縣及國家扶貧工作重點縣的有償資金債務。
二、加強改造中低産田和中型灌區節水改造，提高農業綜合生産能力
（一）資金重點投向糧食主産區
2006年，農業綜合開發繼續將資金向糧食主産區傾斜。中央財政共安排13個糧食主産區農業綜合開發資金63.2億元，佔全部中央財政資金的60.2%，投入規模再創歷史新高。其中，用於糧食主産區改善農業生産條件的資金為38.71億元，佔全國同類投入的58.7%。同時，明確規定各地要適當集中資金，加大對本地區糧食生産大縣的扶持力度，著力打造"全國糧食生産核心區"，特別是加大對《國家優質糧食産業工程建設規劃》重點縣的扶持力度。如河南省將全省70%的農業綜合開發土地治理項目財政資金，集中用於24個産糧重點開發縣，並整合水利、農業、林業、交通和財政等有關資金，進行規模開發。
（二）以中低産田改造為重點，著力加強農業綜合生産能力建設
目前，我國中低産田面積約佔全部耕地面積的三分之二。為切實加大中低産田改造投入，財政部逐步提高了中央財政農業綜合開發資金用於改造中低産田的投入比例，明確除個別生態建設任務較重的省份外，其他省（自治區、市）用於改造中低産田的財政資金，均要佔到改善農業生産條件財政資金的90%以上，並鼓勵糧食主産區省份將改善農業生産條件的財政資金全部用於中低産田改造。2006年，中央財政投入土地治理項目資金65.9億元，其中61.3億元用於中低産田改造項目，佔土地治理項目中央財政資金的92.8%。預計可在全國改造中低産田2612萬畝，新增糧食生産能力28.74億公斤，棉花生産能力4600萬公斤、糖料生産能力5.16億公斤，為提高我國農業綜合生産能力、保障糧食安全發揮了重要作用。
（三）加大中型灌區節水配套改造力度，為項目區生産提供可靠水源保障
除在農業綜合開發部門項目中安排專項資金支持中型灌區節水配套改造項目建設外，還制定了《農業綜合開發土地治理項目切塊內資金安排中型灌區節水配套改造項目試點辦法》，鼓勵地方在切塊資金內安排中型灌區節水配套改造項目。全年共計安排中央財政資金2.47億元，立項扶持了62個中型灌區節水配套改造項目。預計項目建成後，可新增灌溉面積219萬畝，改善灌溉面積439萬畝，新增糧食、棉花、油料等主要農産品3.9億公斤。
三、著力推進財政資金投資參股經營支持農業産業化經營發展
2006年，農業綜合開發繼續加大對産業化經營的扶持力度。全年共投入産業化經營項目資金196.9億元，其中中央財政資金34.3億元，比上年增加8.2億元，增長了31.4%，成為中央財政扶持農業産業化資金的主渠道；帶動地方財政配套資金22.6億元，吸引銀行貸款48.4億元、企業自籌等資金91.6億元。
（一）著力推進投資參股經營工作
投資參股經營試點是財政部黨組為創新農業綜合開發機制而提出的一項新任務。其基本做法是：將財政資金以股本形式投入産業化龍頭企業，"只參股，不控股"，按股分紅，適時退出，所得紅利以及退出股本收益繼續用於農業綜合開發。這項試點從2004年開始起步，3年多來，已取得明顯成效。2006年，中央財政將試點地區由2004年的8個擴大到具備條件的23個省，並將新增農業綜合開發資金的97.5%用於財政資金投資參股經營，達到7.8億元，比2005年增加3.28億元，增長了72.56%，扶持了76個投資參股經營項目。
中央財政通過投資參股的引導作用，有效吸引和帶動信貸資金等其它社會資金投入農業綜合開發，發揮了財政資金"四兩撥千斤"的作用，形成了農業綜合開發投入新機制，探索了財政資金規範、安全、有效運行的新途徑；在提升投資參股經營企業的發展空間和綜合競爭力的同時，顯現出對農民增收的強大帶動作用。
（二）繼續扶持重點産業化項目
2006年，農業綜合開發用於重點産業化經營項目資金12.44億元（其中無償資金佔25%），立項扶持了315個重點産業化經營項目，平均每個項目的中央財政年度投資達到了400萬元左右。同時，適當兼顧一般産業化項目，投入中央財政資金10.32億元（其中無償資金佔25%），立項扶持了767個一般産業化經營項目。
2006年，農業綜合開發通過扶持産業化經營項目，將建成優質高效農業種植基地27.35萬畝，發展水産養殖11.28萬畝，扶持産業化經營項目1318個，預計可安排農村勞動力41萬人就業，使778萬個農戶受益，帶動直接受益農民人均年增加純收入300多元，對優化農業産業結構、提高農業整體水平，培育優勢主導産業發展，促進農民增收發揮重要的作用。
