國防科工委認真貫徹落實國務院常務會議批准的《國防科技工業“十一五”發展和改革意見》，全面部署科技創新、人才隊伍建設、國際合作與交流、協作配套、民品發展等重要工作，制定了一批有針對性的、管長遠的基礎性文件，進一步明確了新時期國防科技工業的戰略定位、根本方針、發展戰略、奮鬥目標、推進措施。

    2006年，國防科工委發佈了《國防科技工業中長期科學和技術發展規劃綱要》、《國防科技工業“十一五”發展規劃綱要》；配合有關部門報國務院批准發佈了《船舶工業中長期發展規劃》，《2006年中國的航天》、《2006年中國的國防》白皮書。國務院通過並公佈了《核出口管制條例》、《民用爆炸物品安全管理條例》等法規。制定併發布了《國防科學技術獎勵辦法》、《國防科工委聽證規則》、《國防科工委行政處罰實施辦法（試行）》和民用爆炸物品生産許可、銷售許可、安全生産許可實施辦法共6部規章；提出了新形勢下進一步發揮地方國防科工委（辦）職能作用，增強國防科技工業自主創新能力，加強工藝創新等方面的政策措施；制定了《造船企業的生産條件》、《非國有企業軍工項目投資有關問題的意見》、《武器裝備配套産品訂貨合同文本（試行）》等一批行業管理規範性文件。研究提出了工藝創新標準體系。核電、宇航、民機、民船、民爆及安全生産等標準化工作全面展開並取得階段性成果。加強了市場準入管理，嚴格行政許可、保密資質認證工作。民爆行業産業結構調整取得重要進展，“小、散、低”現象開始得到治理。軍工集團公司管理績效綜合評價工作有序開展。突出抓好安全保密制度建設及內部防範，加大監督檢查力度，安全防範能力得到加強。電子政務和信息化建設成效顯著。國家核應急協調委的協作聯動機制得到加強。