2006年，教育部組織實施研究生教育創新計劃項目97個。其中，全國博士生學術論壇13個，4000多名博士研究生參加了論壇的學術交流活動；全國研究生暑期學校14個，2000多名研究生、青年教師和研究人員參加了課程學習；資助35所高校和科研院所接受校外博士生3000多人來本校重點學科和重點實驗室訪學研究；支持13所高校在校內外建設研究生創新中心，為研究生創新研究提供平臺；支持16所高校進行了研究生培養模式改革的探索；其他項目6項。彙編出版了《2003─2005研究生教育創新計劃實施報告》，總結了研究生創新計劃實施以來取得的成績、經驗和典型，對推進研究生教育創新産生了積極作用。與國家自然科學基金委員會聯合召開了全國研究生暑期學校工作會議，全面總結、交流暑期學校的辦學經驗，統籌規劃“十一五”的辦學計劃和思路；簽定了《教育部學位管理與研究生教育司、國家自然科學基金委員會計劃局關於共同舉辦研究生暑期學校的協議書》，決定在“十一五”期間擴大全國研究生暑期學校的學科領域和支持力度。下發了《關於加強研究生教育創新計劃區域合作的意見》，積極推動各地方學位與研究生教育主管部門實施本地區的研究生教育創新計劃，形成多種類型、多種層次的研究生教育創新體系。同時，各研究生培養單位還實施了多種多樣的研究生教育創新計劃，加大經費投入，涉及課程改革、培養機制改革、科技創新、開放實驗室建設、國際聯合培養、導師培訓等多個方面。研究生教育創新計劃在增加項目數量，拓寬項目內容的同時，也進一步提高了項目完成質量，規範了項目管理，完善了項目跟蹤評價體系。多層次、多類型、全方位的研究生教育創新活動進一步深化，全國博士生學術論壇、全國研究生暑期學校成為研究生教育中的品牌項目，逐漸形成了著重創新能力培養，進一步提高研究生培養質量的良好氛圍。