加大對鄧小平理論和“三個代表”重要思想重點研究基地建設的支持力度。繼續大力支持北京大學鄧小平理論研究中心、中國人民大學“三個代表”重要思想研究中心、南開大學政治經濟學研究中心、復旦大學當代國外馬克思主義研究中心、復旦大學中國社會主義市場經濟研究中心、南京大學馬克思主義社會理論研究中心、山東大學當代社會主義研究所、華中師範大學中國農村問題研究中心、中山大學馬克思主義哲學與中國化研究所、湘潭大學毛澤東思想研究中心等10多個馬克思主義理論重點研究基地建設，2006年為每個基地各投入不少於70萬元經費（其中教育部30萬元），各批准2個重大項目。

    以招標和委託立項等形式，設立一批體現以馬克思主義為指導、反映新實踐的馬克思主義研究課題。在繼續支持“‘三個代表’重要思想研究”、“馬克思主義基礎理論若干重大問題研究”、“馬克思主義中國化研究”、“馬克思主義學科體系建設研究”、“當代國外馬克思主義思潮研究”、“馬克思主義哲學體系創新研究”、“馬克思主義産權理論與中國改革實踐”、“馬克思主義一級學科體系建構與建設研究”、“以馬克思主義為指導，具有中國特色、中國風格、中國氣派的哲學社會科學學科體系和教材體系建設研究”等重大課題攻關項目的基礎上，2006年新設立“當代中國社會思潮與馬克思主義理論建設”、“馬克思主義理論的整體性研究”等2個課題。力爭通過重大課題的研究，推動馬克思主義理論研究的深入開展，産生一批具有標誌性的重大科研成果。

    著眼于培養一批馬克思主義理論研究隊伍。在教育部社科研究一般項目中，單獨設立馬克思主義/思想政治學科，批准一批研究課題，如：《執政黨的日益成熟與構建社會主義和諧社會》、《馬克思主義理論創新規律性問題研究》等。在重大課題委託研究項目中設立《大學生日常思想政治教育實效性研究》等35個課題。這些課題共投入經費數百萬元，一大批教師參加課題組進行馬克思主義理論和思想政治教育課題研究，為培養和造就一批馬克思主義理論研究隊伍創造了條件。

    通過重點基地建設和課題立項研究等工作，高校教師圍繞關係黨和國家全局的全局性、戰略性、前瞻性問題，開展馬克思主義基礎理論、馬克思主義中國化、當代國外馬克思主義思潮、馬克思主義創新體系等研究，取得了一批重要成果，推動馬列主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想、科學發展觀和構建社會主義和諧社會研究取得了新進展。