第二次全國農業普查是一個龐大的系統工作，涉及國務院有關部門、軍隊、武警系統的二十多個單位。普查的總體工作由國務院第二次全國農業普查辦公室組織，在業務方面，由統計部門牽頭，同時需要得到國家發改委、農業部、財政部、國土資源部、水利部、司法部、國家林業局等有關單位的密切合作，同時將委託農墾、軍隊、武裝警察、司法等系統獨立完成本系統的農業普查工作。為確保農業普查的順利完成，需要各個部門密切配合，相互協作，共同完成普查任務。