一是組織協調機制。在管理方式上，跨設區市域的閩江、九龍江、敖江流域整治由省裏組織實施，閩江、九龍江流域整治兩次被列為福建省委省政府為民辦事項目；其他流域由所在設區市組織。在組織機構上，成立省環境保護委員會，建立流域整治聯席會議制度；各市、縣（區）也都成立相應機構，定期研究部署工作。

    二是責任考核機制。福建省政府在實施設區市市長環保目標責任書考核、市縣（區）政府環保年度考核，建立環保約談告誡制度的同時，建立閩江、九龍江流域整治工作考核通報制度，將年度水質情況、整治任務完成情況與當地政府環保實績考核和次年環保專項資金補助挂鉤。

    三是資金投入機制。全省污染防治資金、省直部門專項資金和各地財政加大對重點流域治理的投入。此外，從2003年起省裏就探索建立生態受益地區向生態保護地區提供生態補償的機制，建立了閩江、九龍江、晉江流域上下游生態補償制度，生態公益林補償制度和礦山生態恢復保證金制度。福建省閩江、九龍江流域已被環保部列為國內實施生態補償的第一批6個試點區域之一。

    四是綜合管理機制。在加強對環境違法行為查處的同時，注重運用經濟手段改變“企業環境守法成本高、違法成本低”的狀況。如，實行污水處理廠處理合格率與運營費挂鉤政策；落實“綠色金融”政策，嚴格對違法企業的信貸控制；對污水處理廠及其配套管網建設滯後的地方、開發區實行區域“限批”。