根據目前災區的實際工作需要，衛生部19日確定了人員、設備及疫苗等需求計劃，組織制定了《玉樹抗震救災衛生防疫工作安排》，按照分片包乾原則，將受災的7個鄉2個鎮的19個點分包給青海省及其他各救援省份的專業人員，確定了人員分配方案並已批青海省抗震救災指揮部審批。

    衛生部前方工作組依據《衛生部抗震救災衛生防疫工作方案》，結合玉樹實際制定了《玉樹抗震救災衛生防疫工作方案》，對地震災後防病工作原則、疫情監測、食品衛生、飲水衛生、環境衛生、病媒生物防制和消毒處理等工作作出了部署。中國疾病預防控制中心組織專家還緊急制訂了玉樹地震災區鼠疫監測工作實施方案、宣傳教育工作實施方案、醫務人員培訓工作方案和居民安置點滅獺工作方案等一系列鼠疫防治相關工作方案。方案目前已發至青海省地病所，由其結合當地實際情況進行修改和完善，並印發現場防疫隊伍開展工作。

    中國疾病預防控制中心組織專業人員，在綜合考慮災區歷史疫情和突發公共衛生事件發生情況，及震後存在危險因素的基礎上，對災區可能發生的重點傳染病風險進行了初步評估，提出了災後傳染病監測與防控的策略和措施建議。中國疾病預防控制中心還對玉樹縣地震災區傳染病網絡直報系統進行了初步評估，形成了《玉樹縣地震災區傳染病網絡直報初步評估報告》，提出了玉樹縣地震災區傳染病監測策略和措施的建議。