為落實新《水法》確定的水資源實行流域管理和區域管理相結合的管理體制，理順流域管理和區域管理的關係，明確流域管理和區域管理的職責和事權，研究制訂適應社會主義市場經濟體制和流域經濟社會發展要求的太湖流域水資源管理體制改革方案，太湖流域管理局委託部水利發展研究中心開展了太湖流域水資源管理體制和運行機制研究。2005年10月20日，太湖局組織召開《太湖流域水資源管理體制和運行機制》課題研討會，水利部翟浩輝副部長就太湖流域水資源管理體制和運行機制問題作了講話。部國際合作與科技司司長高波、水利發展研究中心副主任黃河、國際合作與交流中心主任于興軍以及有關領導和專家參加了會議。

    翟浩輝指出，太湖流域是我國一個重要的流域，也是一個重要的經濟區域，河網密布、人口密集、經濟發達。目前水問題也很突出：一是與太湖流域經濟社會地位相比，防洪標準偏低，治理滯後；二是水資源開發利用程度過高，不合理的開發利用造成了嚴重的水質型缺水；三是管理不適應，尚沒有建立起權威、高效、協調的流域管理體制和機制。

    翟浩輝指出，太湖流域水資源管理體制和機制研究應注意四個方面的問題：

    一是流域與區域的事權劃分。太湖局應當具備哪些職能，地方應該具備哪些職能，要以《水法》、《防洪法》、《水污染防治法》、《水土保持法》為依據，並聯絡太湖流域的實際，劃清事權，分清職責。

    二是要改革水資源管理體制。按照《水法》規定，探索建立流域管理和區域管理相結合的水資源管理體制。要尋找結合點，開創新局面。在太湖流域，流域管理和區域管理相結合的管理體制結合點的關鍵是以流域規劃為龍頭，加強統一規劃和規劃管理。區域規劃必須服從流域總體規劃，流域規劃要兼顧區域規劃，要相互銜接。要強化流域水資源的統一調度，對重要河段以及跨省或流域控制性建築物要由太湖局直接管理。要實施流域綜合治理，使經濟社會發展與流域水資源承載力、水環境承載力相協調，即把流域內自然條件、生態環境和社會經濟作為相互作用、相互依存和相互制約的統一體，綜合治理，協調管理，當好河湖代言人，維護流域河流湖泊的健康生命。要推進節水防污型社會建設。要實現制度創新，建立有效溝通和協商平臺。太湖局今後工作的亮點之一是推進建立流域管理委員會。委員會由相關政府部門、相關地方政府、流域管理機構和用水戶參加，定期商議太湖局提交需要研究的流域治理與管理中的重大問題。民主協商和公眾參與是保障流域水資源公平、效率、可持續利用的重要管理形式。

    三是要建立有權威的流域管理機構。要從太湖流域治理和管理的實際、區域社會經濟發展的實際出發，認真落實法律和行政授權，統一規劃，統一調度，協調管理，做好服務。

    四是要重視流域的立法和執法。太湖流域，平原河網，水系複雜，治理難度大，管理難度更大，要建立流域性水政策法規體系，制訂《太湖管理條例》。同時要嚴格執行現有的水法規，堅持依法治水，依法管水。

    關於建立水資源流域管理和區域管理相結合的管理體制，翟浩輝強調要遵循五個原則：一是統一管理和分級管理原則，既體現流域在水資源管理上的整體性、統一性，同時又可從立足流域社會管理而確定的行政區域出發，實行分級管理，一級管一級，一級對一級負責；二是分工協作的原則，按照《水法》規定，明確職能，分工負責，各司其職，協調關係，“統”而不死；三是權責對等的原則，權責明確，有權有責，按責用權，用權必責；四是精簡與效率原則，精簡機構，精簡人員，減少辦事層次，便利社會，提高辦事效率；五是有效管理跨度和幅度的原則，即流域管理的範圍和區域管理的範圍，宏觀管理的目標和微觀管理的側面，都要明確具體、深化、細化，達到全面覆蓋，不留死角，並提高應急處理問題的時效性。同時，要正確處理好區域與流域的幾個關係：一是服從關係。區域管理要服從流域管理，分級管理要服從統一管理，主要要通過執行流域規劃來體現。二是合作關係。流域和區域之間合作，不僅水行政部門之間要上下合作，而且流域與地方政府及其相關部門之間要合作。三是分工關係。在實施各項水資源管理制度和直接管理水資源的具體事務中，流域和區域各有分工。但分工中有合作，合作中有分工，分工不分家。四是監督關係。在水行政執法和水事糾紛調處方面，在編制規劃方面，在建設項目審批方面，在水資源開發利用方面，流域管理機構有權監督地方，對地方違反水法的行為，流域機構有權查處。

    從流域對區域來説，流域要加強指導，加強服務，發揚民主，注重協商，依法行政。