根據《國務院辦公廳關於印發農業部職能配置內設機構和人員編制規定的通知》（國辦發〔1998〕88號）精神和《農業部關於調整部屬畜牧獸醫單位機構編制的決定》（農人發〔2006〕3號），農業部于2006年4月5日批復了中國動物疫病預防控制中心主要職責、內設機構和人員編制。

    中國動物疫病預防控制中心的主要職責是：協助獸醫行政主管部門擬定有關法律、法規和政策建議；協助開展重大動物衛生違法案件的調查。研究提出重大動物疫病（包括人畜共患病）預防控制規劃、撲滅計劃、應急預案建議，指導、監督重大動物疫病預防、控制和撲滅工作，指導人畜共患病防治工作。研究提出動物疫病防治技術規範建議，經批准後組織實施。負責全國動物疫情收集、匯總、分析及重大動物疫情預報預警工作；指導全國動物疫情監測體系建設；組織實施動物疫病監測工作，指導國家級動物疫情測報站和邊境動物疫情監測站的業務工作。負責國家動物防疫網絡信息系統、網絡溯源及應急指揮平臺的建立及管理。承擔全國動物衛生監督的業務指導工作，組織實施動物及動物産品檢疫。承擔全國高致病性動物病原微生物實驗室資格認定及相關活動的技術、條件審核等有關工作。承擔全國動物病原微生物實驗室生物安全監督檢查工作；協調各級診斷實驗室的疫情診斷工作。承擔動物及動物源性産品質量安全檢測及其有關標準、標物研製工作；承擔動物標識管理、動物和動物産品溯源工作。承擔動物診療機構和執業獸醫的相關工作；承擔獸醫執法人員的培訓工作。負責獸醫行業職業技能鑒定工作。組織開展動物防疫技術研究、國際交流與合作等。

    中國動物疫病預防控制中心業務歸口獸醫局管理，機構規格為正局級。財政補助事業編制136名。局級領導職數5名。下設防控應急處、獸醫公共衛生處、疫情監測處、動物衛生監督指導處、實驗室生物安全管理處、動物産品安全檢測室、獸醫診斷室等12個業務處室和管理部門。

    日前，中國動物疫病預防控制中心召開了第一次職工大會。根據首批進入疫控中心人員的情況，調配了各部門工作人員，部署了工作。