按照黨中央、國務院關於突發事件應急管理的決策部署，根據《國家突發公共事件總體應急預案》和《重大動物疫情應急條例》，農業部圍繞“一案三制”，突出抓好禽流感等突發重大疫情應急管理工作，禽流感等重大疫情防控工作取得明顯成效。

    一是建立健全應急預案配套制度，不斷完善預案體系。農業部狠抓疫情應急處置工作的規範化、制度化和法制化，收到了良好成效。二是建立快速反應隊伍，提高應急處置效率。2005年，為了加強和提高重大動物疫情的應急處置能力，農業部成立了突發重大動物疫病應急指揮中心，設立應急指導組、綜合組、科技法規組、保障組，指導各地開展應急處置工作。三是建立重大動物疫病防控定點聯絡制度，不斷創新應急機制。農業部2005年實行重大動物疫病防控定點聯絡制度，組成6個工作組，分別負責6個片區動物疫病防控聯絡和指導工作。同時，將疫情報告網絡延伸到鄉村，建立了64.5萬名的村級疫情報告觀察員隊伍，提高了疫情報告的時效性、準確性。四是依靠科技進步，提高應急管理技術支撐能力。近兩年，我國成功研製出多種禽流感、口蹄疫疫苗和檢測診斷技術。五是推進獸醫管理體制改革，加強應急管理體系建設。農業部成立了改革領導小組，召開全國獸醫管理體制改革工作會議，先後派出10多個督導組指導有關省推進改革。