吳邦國在十屆全國人大常委會第十六次會議上強調，切實加強監督工作，不斷增強監督實效。

　　聽取和審議專題工作報告，開展執法檢查，是人大監督工作的基本形式。本次常委會會議審議了中央決算報告、審計工作報告、國務院關於食品藥品安全形勢和監管工作的報告、水污染防治法執法檢查報告，這是今年全國人大常委會開展的幾項重要監督工作。

　　在談到中央財政和審計工作時，吳邦國説，去年中央預算執行情況總體上是好的，中央財政收入增長較快，在保障“三農”、就業和社會保障等重點支出方面盡了很大努力，中央財政赤字和國債發行規模都控制在全國人大批准的範圍內，對去年審計查出問題的整改情況也是歷年來最好的。他還指出，中央預算編制執行仍然不夠規範、預算管理水平有待提高，中央與地方之間基建項目管理的事權劃分和資金分配有待改進。對審計報告指出的問題，全國人大常委會組成人員建議責成有關部門和地方認真分析原因，切實加強整改，依法追究責任，並請國務院在今年年底前將糾正情況和處理結果向全國人大常委會報告。他希望逐步將全國人大常委會對中央財政預算監督的重點，即保證重點支出情況、轉移支付情況、國債使用情況、預算超收收入使用情況等，作為審計工作的重點和審計報告的重要內容。

　　在談到食品藥品安全問題時，吳邦國強調，食品藥品安全與人們日常生活和身體健康息息相關，是近年來人民群眾反映最為強烈的熱點問題之一。對食品藥品安全面臨的嚴峻形勢和造成的嚴重危害必須保持清醒認識。要採取有效措施，不斷加強食品藥品監管工作，切實加大食品衛生法、藥品管理法等有關法律法規的執法力度，對觸犯刑法的一定要依法追究刑事責任。對那些明知故犯、見利忘義、坑害百姓、傷天害理的事件，發現一起打擊一起，嚴懲不貸，絕不手軟。只有這樣，才能儘快使食品藥品安全形勢得到明顯好轉，才能盡可能地保障人民群眾飲食用藥安全。

　　在談到水污染防治問題時，吳邦國指出，我國水資源本來就總量不足，時空分佈不均，嚴重的水污染加劇了水資源的緊張，影響了人民群眾生活，制約了經濟社會發展。加強水污染防治工作刻不容緩。他著重強調三點：一是要設身處地為老百姓著想，充分認識水污染防治工作的重要性和緊迫性，增強使命感和責任感，著力解決水污染防治中存在的突出問題，堅決遏制水環境惡化的趨勢。二是全面落實科學發展觀，切實轉變經濟增長方式，努力提高經濟增長的結構、質量和效益，下大決心關閉和淘汰落後的生産能力。三是堅持依法治水、依法治污，增強法律的權威。必須切實加大水污染防治法執法力度，真正把水污染防治法的規定貫徹落實到位。