過去，乘坐北京——九龍和上海——九龍兩趟旅客列車去香港的旅客，需要在東莞車站帶著行李下車辦理驗關手續，很不方便。為落實中央政府《內地與香港關於建立更緊密經貿關係的安排》（CEPA）重大戰略決策，鐵道部加強與有關方面的協商，積極推動兩趟直通車實現“大通關”。在中共中央、國務院領導和有關部門的關心支持下，鐵道部與海關總署、公安部、國家質檢總局、國務院港澳辦等部門就京滬直通香港旅客列車實現便捷通關達成一致意見。8月20日和9月17日，海關總署、公安部、國家質檢總局和鐵道部聯合頒布了《京九、滬九直通香港旅客列車在廣州東至深圳間上車聯檢暫行辦法》和《京九、滬九直通香港旅客列車在始發終點站聯檢協調辦法》。2003年10月1日，在北京西站和上海站設立了臨時鐵路口岸，實現了旅客在始發、終點站驗關，大大提高了通關效率，為旅客提供了便捷的通關方式。為了保證口岸聯檢改革的順利實施，北京鐵路局、上海鐵路局分別投資3000萬元和1000萬元，改造站臺和候車室；鐵道部調整了兩趟列車的運行圖，減少了11個停車站，使列車在內地段除技術作業停靠外，全程封閉運行，兩趟列車的運行時間各壓縮了一個多小時。兩趟直通香港旅客列車口岸聯檢改革的成功實施，大大方便了內地和香港旅客的出行，為加強內地和香港的人員交流、繁榮香港經濟發揮了不可替代的作用。