為加強公共衛生體系建設，財政部積極會同有關部門研究建立公共衛生經費保障機制，進一步明確和規範公共財政支持衛生事業可持續發展的總體思路和政策措施。

    加大公共衛生投入力度，大力支持公共衛生體系建設，中央財政在2003年和2004年共安排公共衛生專項資金50億元的基礎上，2005年又安排公共衛生專項資金42億元，並按照“明確目標、分清責任，統籌規劃、科學立項，整合資源、避免重復，分步實施、逐年安排”的原則合理分配補助資金，支持醫療救治體系、疾病信息網絡體系、衛生執法監督體系建設，加強重大疾病預防控制和農村衛生工作。同時，財政部還積極配合有關部門深化醫療衛生“三項”體制改革，著重研究有關深化城市醫療服務體制改革試點、大力推進城市社區衛生服務和擴大基本醫療保險覆蓋面的政策措施，著力解決人民群眾“看病難、看病貴”問題。

    針對今年的禽流感疫情，財政部積極配合有關部門按照國務院關於人感染高致病性禽流感防控工作的要求，抓緊研究防控人禽流感工作的應急預案，及時調整支出結構，安排相關防控資金，及時審核下撥防治經費1.5億元。此外，財政部還制定了有關針對禽流感疫情的稅收扶持政策。