2006年是"十一五"的開局之年，也是政府採購制度改革由初創階段向全面發展階段轉變的關鍵之年。政府採購制度改革工作以科學發展觀為統領，以"十一五規劃"和中央紀委再次提出的深化和健全政府採購制度要求為契機，在進一步擴大政府採購範圍和規模，發揮政府政策功能，推進規範化管理和監督檢查等方面繼續深化創新，不斷推進政府採購制度改革工作。

    2006年，政府採購制度體系進一步完善，政府採購規模持續增長，預計突破3500億元；重點做好政府採購領域治理商業賄賂工作，取得階段性進展；兼顧社會效益，發揮政府採購制度的政策功能，在政府採購支持節能、節水、環境標誌産品、自主創新産品等方面發揮了導向作用；政府採購機構不斷健全，運行機制日趨協調，初步建立了財政部門、集中採購機構、採購人職責清晰、運轉協調的工作機制；公開招標方式的主導地位基本確立，公開招標採購規模已達到政府採購總規模的70％以上；採購透明度不斷提高，在財政部指定媒體上發佈的信息數量從2002年的5000多條增加到2006年的近8萬條；基本建立了較為完善的投訴處理機制，2006年財政部收到16起投訴和舉報，受理14起，都及時作了處理；建立了政府採購代理機構資格認證制度，組織專門力量開展資格認定工作，已審批和確認了600多家甲級資格政府採購代理機構。

    WTO《政府採購協議》研究工作全面展開。2006年4月，我國政府在第17屆中美商貿聯委會上承諾，將於2007年12月底前提交政府採購市場開放清單，啟動加入WTO《政府採購協議》（GPA）談判。國務院要求財政部儘快制訂工作方案，做好相關工作，為啟動談判做好準備。財政部全面展開了GPA研究工作。同時，加強了國際溝通與合作。5月16日，作為中歐政府採購對話機制的重要內容，中歐首次政府採購對話在京舉行。2月28日，我國就加入WTO《政府採購協議》與美國舉行了首次技術性磋商。4月26－27日，財政部與亞洲開發銀行、世界銀行聯合舉辦了電子化政府採購國際研討會。此外，財政部還參加了多次中澳等自由貿易區雙邊磋商、WTO政府採購委員會會議、APEC政府採購專家組會議，以及聯合國電子化政府採購能力建設研討會等活動。