從２００４年開始，內蒙古自治區開展農牧區新型合作醫療試點。至今年，試點旗縣（市、區）已擴大到３９個 部分盟市還進行了本地區試點，全區共有５４４.８１萬農牧民參加合作醫療，超過全區農牧民人口的５０％。在３９個試點旗縣，農牧民參合率８２.１９％，高出全國平均水平。

    內蒙古農牧民人均純收入低於全國平均水平。醫療費用對農牧民來説是一項大的開支，不少農牧民因病致貧、因病返貧。２００４年和２００５年，內蒙古試點旗縣為農牧民報銷醫療費的起付線在３００至１０００元之間，封頂線４０００至８０００元之間。今年，各地區重新測算調整了實施方案，將起付線降低到１００至３００元，封頂線提高到１萬至２.５萬元，分段報銷比例也普遍提高５個百分點以上。

    從今年開始，自治區對參合農牧民補助的標準由每年人均１０元增加到２０元，各級政府補助和個人繳費基金達２.７２億元。為增加合作醫療基金總量，自治區財政每年給６萬人口以下的牧區旗縣參合農牧民每人增加補助５元，鄂爾多斯市、阿拉善盟為參合農牧民多補助１０元。記者近日在準格爾旗了解到，這個旗為每個參合農牧民增加補助達２３元。今年上半年，內蒙古各地為農牧民補償醫療費用５０００余萬元，參合農牧民住院報銷的金額佔住院醫療費的比重由２００４年的２６%提高到３２%。

    為方便群眾，內蒙古農牧區合作醫療採取“一證通”方式，參合農牧民可持證在本旗縣自主選擇定點醫療機構。定點醫療機構開設合作醫療報銷窗口，簡化程序，農牧民就診或住院後即可當場報銷。各地區還把建立合作醫療制度與推進農村牧區衛生服務體系建設相結合，統籌規劃並調整衛生院佈局，加強衛生院設備配置和人員培訓，嚴格控制醫療收費標準，提高醫療服務質量。