2006年12月至2007年10月，財政部組織開展了全國行政事業單位資産清查工作（以下簡稱資産清查工作）。資産清查結果顯示，截至2006年12月31日，全國行政事業單位國有資産總額達到8.01萬億元，其中凈資産總額為5.31萬億元，佔全部國有凈資産總額的35.14%。從單位類別看，行政單位佔25.63%，事業單位佔74.37%；從級次看，中央佔15.24%，地方佔84.76%；從資産構成看，流動資産佔37.75%，固定資産佔52.19%，對外投資佔2.14%，無形資産佔1.09%，其他資産佔6.83%。

    本次資産清查的基準日為2006年12月31日，具體涉及150個中央部門和36個省、自治區、直轄市及計劃單列市，共計67.2萬戶獨立核算的行政事業單位。為組織做好資産清查工作，財政部成立了全國行政事業單位資産清查工作小組，統一部署全國資産清查工作。各地區、各部門、各單位也分別成立了資産清查工作小組，具體負責本地區、本部門、本單位資産清查工作的組織實施。各級財政部門委託社會仲介機構對資産清查結果進行了專項審計。