我國污染防治的重點流域包括"三河三湖"、南水北調水源及沿線、三峽庫區和松花江等地區。近年來國家對重點流域污染防治的投入不斷增加，主要污染物排放總量繼續降低，部分河湖水質有所改善。但是從總體上看，重點流域主要污染物排放明顯超過環境容量，部分治污工程建設和運營還存在一些問題，水污染防治形勢仍然十分嚴峻。

    重點流域污染防治的總體目標是：主要飲用水水源地、跨省界斷面水環境質量明顯改善，重點工業企業實現全面穩定達標排放，城鎮污水處理水平顯著提高，水污染物排放總量得到有效控制，流域水環境監管及水污染預警和應急處置能力顯著增強。

    加強重點流域污染防治的主要措施包括以下幾個方面：

    第一，加快城鎮污水處理設施建設。對規劃確定的治污項目，尚未開工的抓緊開工，正在建設的加快施工進度，已經建成的儘快投入運行，不斷提高城鎮污水處理率。加強城鎮污水收集管網建設，提高深度處理能力。城鎮污水收集管網原則上應與污水處理廠同步建設。在老城改造和新城建設中，都要優先考慮污水管網建設。在重點湖泊流域地區，新建、改建、擴建的城鎮污水處理廠，要配套建設脫氮、除磷設施。提高城鎮污水處理費徵收標準，促進城鎮污水處理設施建設運營。強化監督管理，保證污水處理設施達標運行。

    第二，進一步加強工業污染防治。在重點流域地區，實行最嚴格的排污總量控制措施，根據水環境容量，逐年削減排污總量，不斷提高工業企業污染防治水平。對工業企業污染治理情況進行評估檢查，對不能穩定達標排放的企業，實行限期整改。全面推行排污許可證制度，排污單位持證排污，環保部門依證管理。對造紙、化工、印染、釀造等重點行業的重點污染企業，限期安裝在線監測裝置，並與環保部門聯網，做到實時監控。進一步淘汰落後的技術、工藝、設備和污染嚴重的企業。實施重點排污企業公告制度，定期公佈污染嚴重企業名單，監督達標排放。

    第三，加強農業農村污染治理。目前，農業農村污染已經佔到水污染的三分之一以上，"三湖"中約50％的總氮和總磷來自面源污染。為了控制農村面源污染，重點流域地區嚴格控制畜禽養殖污染。大力推廣生態養殖模式，鼓勵畜禽糞便的綜合利用。根據土地容量確定養殖規模，採取回田利用等方式減少污染。調整漁業生産佈局和品種結構，減輕漁業養殖對水體的污染。在飲用水水源保護區、水污染嚴重超標地區，禁止規模化畜禽養殖和漁業養殖。科學施用農藥和化肥，在重點流域江河湖泊毗鄰地區，大力提倡科學使用農藥、化肥，儘量減少農藥、化肥的施用量。對農用薄膜、生長調節素，也要控制使用。大力發展生態農業、有機農業，建立綠色食品和有機食品基地，提高農産品安全標準。加大生活、生産污染治理力度，推進農村環境綜合整治，積極推行改水改廁，加快沼氣等可再生能源的推廣應用，禁止將污水和垃圾倒入河、湖、溝、渠。重視保護城鄉飲用水源，在一級保護區內，禁止旅遊和畜禽、水産養殖活動，禁止一切排污行為。

    第四，深入開展環保專項整治行動。定期開展環保專項整治行動，把嚴重排放污水的行為作為治理重點，推進重點流域水污染防治工作，讓人民群眾喝上乾淨的水，呼吸上清潔的空氣，吃上放心的食品，在良好的環境中生産生活。堅決關閉威脅飲用水源地安全的嚴重污染企業，嚴格監督城鎮污水和垃圾處理廠的污染排放，化解由於水環境污染而損害群眾利益的突出矛盾。嚴格市場準入，按照環保法律法規的要求，依法處理違規建設項目。嚴格建設項目環境管理，合理控制新開工項目。加強對造紙、化工、印染、釀造、畜禽養殖等高污染行業的監管，降低流域水環境污染負荷。採取更加嚴格的措施控制重點流域排污總量，嚴肅查處典型違法案件，嚴厲懲處破壞水環境的違法行為。研究制定更嚴厲的環保法律法規和標準，加大對環境違法行為的處罰力度，建立污染事件責任追究制度。

    第五，加強對重點流域水污染防治的組織領導。重點流域水污染防治的主要責任在地方，各級地方政府確保認識到位、責任到位、措施到位、投入到位。有關地方政府應加強對重點流域水污染防治工作的組織領導，落實省、市、縣長責任制，明確工作目標、任務和措施，加強督促檢查，及時解決影響工作進度的突出問題。要完善政績考核機制，把任期內當地環境質量變化、環保法律法規執行和環境基礎建設運營等情況，作為幹部政績考核的重要指標。國務院各有關部門應密切協作，聯合治污，履行職責，支持和指導重點流域各地水污染治理工作。環境保護主管部門應加強水環境執法監督和統一監管。要搞好宣傳教育，及時通報重點流域水質狀況，統一發佈重點流域、海域環境信息。公開環境質量、環境管理和企業污染治理等信息，公佈污染防治工作檢查情況，支持新聞媒體監督環保工作，引導社會公眾和社團組織更好地參與環境保護事業。實行重大環境決策和項目徵求群眾意見的做法，認真處理群眾關於環境的來信來訪，切實維護廣大人民群眾的環境權益。