自2006年9月20日起，福州海關對隸屬的福州保稅區海關在其關區內實行“屬地申報，口岸驗放”通關模式，即在福州關區報關的進出口企業，可自主選擇福州保稅區海關為申報海關進行申報，貨物驗放由貨物實際進出口口岸的海關實施。

    作為特殊監管區，福州保稅區實行“屬地申報，口岸驗放”通關模式，有利於降低企業貿易成本，加快通關速度；有利於優化通關環境；有利於保稅區功能優勢的發揮，在時間和空間上得以延伸，促進區內物流業發展。