從2009年3月開始，全省各級新農合定點醫療機構全面實行醫藥費用墊付直報工作。這是自2006年青海省在縣、鄉、村定點醫療機構實行醫藥費用墊付直報工作後，又把省、州（地、市）級醫療機構納入墊付直報範圍。屆時，參合農牧民醫藥費用墊付直報範圍將覆蓋省、州（地、市）、縣、鄉、村五級定點醫療機構，全面實現就診、報銷“一站式”服務，參合農牧民出院當天就可報銷醫藥費用。全面實行醫藥費用墊付直報工作是進一步完善新農合製度，簡化參合農牧民醫藥費報賬程序，為參合農牧民提供“方便、快捷、高效”服務的重要舉措。

    醫藥費用墊付直報是指參合農牧民在定點醫療機構就診時，先由個人按實際繳納醫藥費用，在當次診療活動結束後，定點醫療機構按新農合補償規定給予墊付報銷，並定期與參合農牧民所在縣合管辦結算所墊付的費用。參合農牧民住院時需向定點醫療機構提供《新型農村合作醫療證》、身份證或戶口本，醫療救助對象要提供醫療救助證，在省級和州（地、市）級定點醫療機構住院時還需提供縣合管辦開具的轉診證明，因急診直接到省、州級醫院住院的，應在入院5日內到縣合管辦補辦轉診手續。