為全面推進依法行政，建設服務型政府，加強反腐倡廉建設，推進農業部行政許可網上投訴舉報制度化、規範化，構建多渠道、多層次監督網絡，切實維護人民群眾的知情權、參與權、表達權和監督權，根據《中華人民共和國行政許可法》、《農業部實施行政許可責任追究規定》等相關規定，農業部制定了《農業部行政許可網上投訴舉報處理暫行辦法》（以下簡稱《辦法》）。

　　《辦法》要求，行政許可網上投訴舉報由辦公廳、産業政策與法規司、駐部監察局聯合督辦，具體分工是：（一）辦公廳負責網上投訴舉報信息受理和分辦，以及網上投訴舉報系統建設和管理，並協助産業政策與法規司、駐部監察局、各行政許可承辦司局和直屬單位處理有關投訴舉報。（二）産業政策與法規司負責網上投訴舉報中有關違反許可實體和程序規定問題的核查和回復。（三）駐部監察局負責網上投訴舉報中有關違紀問題的核查和回復。（四）各行政許可承辦司局和直屬單位負責網上投訴舉報中有關行政許可實施過程發生問題的核查和回復。對於網上投訴系統的維護、更新和升級，由部信息中心負責。

　　《辦法》強調，各司局和有關直屬單位1名司局級領導負責行政許可投訴舉報工作，綜合處處長為聯絡員，並指定專人具體負責辦理。對投訴舉報信息的處理，應當堅持依法行政、實事求是、公正公開和廉潔高效原則。處理投訴舉報信息時限為20個工作日。情況複雜的，經本單位負責人同意，可適當延長處理時限，但最多不超過15個工作日。辦公廳在對投訴舉報信息匯總分類後，按照職責分工，及時通過投訴舉報系統分送産業政策與法規司、駐部監察局、各行政許可承辦司局和直屬單位。對非行政許可類的投訴舉報信息，辦公廳酌情轉送相關單位，或退回投訴舉報人並説明理由。産業政策與法規司、駐部監察局、各行政許可承辦司局和直屬單位收到分辦的投訴舉報信息後，應及時組織核查。各司局和有關直屬單位應當積極支持和配合核查工作，並如實提供相關材料。産業政策與法規司、駐部監察局、各行政許可承辦司局和直屬單位根據核查情況，提出答覆意見，並錄入投訴舉報系統，同時通過電話、信函或電子郵件方式回復投訴舉報人。各司局和相關直屬單位應當對投訴舉報信息嚴格保密，維護投訴舉報人合法權益。

　　《辦法》規定，由辦公廳定期將行政許可投訴舉報處理情況上報部領導，並通報有關單位。

    《辦法》自2008年3月27日起施行。