為進一步加強對水利工程建設項目檔案驗收工作的監督、指導，規範檔案驗收工作行為，統一檔案驗收標準，確保檔案驗收質量，依據水利部《水利工程建設項目檔案管理規定》（水辦[2005]480號）和國家檔案局、國家發改委聯合印發的《重大建設項目檔案驗收辦法》（檔發[2006]2號），水利部經過一年多的調查研究和廣泛徵求意見，結合水利工程建設項目管理工作實際，制定了《水利工程建設項目檔案驗收管理辦法》（以下簡稱《辦法》）。2008年9月9日,水利部正式印發了該《辦法》，並在印發通知（水辦[2008]366號）中，明確要求各單位，結合實際認真貫徹執行,切實抓好建設項目檔案工作。

    《辦法》分為五章20條和一個附件。第一章是總則，明確了制定《辦法》的目的和檔案驗收的組織單位、適用範圍、驗收依據和驗收結果等內容。其中明確檔案驗收按百分制進行考評。考評總分達到或超過90分的為優良；獲得70—89.9的為合格；達不到70分或第2部分“應歸檔文件材料質量與移交歸檔”項，達不到60分的為不合格。第二章是驗收申請，明確了申請檔案驗收的條件、時間和申請驗收的步驟與方法。第三章是驗收組織，對組織驗收的部門、方式、時效和結果提出了明確的要求。第四章是驗收程序，對驗收方式、議程、形成驗收意見的內容及對驗收中發現問題的整改工作和未通過驗收的，都提出了明確的要求。第五章是附則，明確了本辦法由水利部負責解釋和2008年10月10日開始施行。

    《辦法》的附件是《水利工程建設項目檔案驗收評分標準》（以下簡稱《標準》）。《標準》分為檔案工作保障體系、應歸檔文件材料質量與移交歸檔、檔案接收後的管理三部分，共計100分。第一部分為20分，第二部分為70分，第三部分為10分。《標準》的得分點為53處，扣分點有110多處。《標準》對水利工程建設項目檔案管理及應歸檔文件材料的收集、整理工作提出了明確的要求；對達不到要求的，如何進行量化賦分，也制訂了十分詳細的扣分標準。《辦法》和《標準》正式出臺，方便了項目法人和各參建單位對工程檔案工作開展情況的自查，也有利於上級業務主管部門對工程檔案的檢查與驗收工作。