2006年，農業綜合開發共投入資金366.4億元，其中中央財政資金112.5億元（含利用外資折合人民幣7.5億元；預算內安排資金105億元，比上年增加8億元，增長了8.25%），帶動地方財政配套投入74.1億元，引導農民籌資投勞、銀行貸款、企業自籌資金等179.8億元。

    在“多予”的同時，堅持“少取”。推出了核減土地治理項目有償資金債務方案，確定從2006年－2009年，用4年時間，逐步核減2004年以前投入到農業綜合開發土地治理項目中的有償資金債務44.86億元（從2004年起，農業綜合開發取消了土地治理項目中央財政資金10%的有償投入，改為全部無償投入）。核減範圍涉及13個糧食主産區及財力狀況較差的12個中西部省份、新疆生産建設兵團和福建省，重點核減這些地區糧食主産縣及國家扶貧工作重點縣的有償資金債務。（財政部提供）