國家重點學科經過近二十年的建設，其教學、科研條件得到了明顯改善，學術水平、培養高層次人才和承擔國家重大任務的能力得到了顯著提高，促進了高等學校學科結構的調整和優化，已成為我國高等學校重要的具有骨幹和示範作用的教學、科研基地。面對世界科技革命的嚴峻挑戰和世界範圍內日益激烈的人才競爭，為適應建設創新型國家、構建社會主義和諧社會和全面建設小康社會對人才和科技的要求，2006年10月底，教育部制定並印發了《教育部關於加強國家重點學科建設的意見》（以下簡稱《意見》）和《國家重點學科建設與管理暫行辦法》（以下簡稱《暫行辦法》）。

    該《意見》和《暫行辦法》是教育部為貫徹落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006—2020年）》和《中共中央關於進一步繁榮發展哲學社會科學的意見》，提高高等教育質量，增強自主創新能力而做出的重要舉措。《意見》和《暫行辦法》對今後國家重點學科建設的指導思想、基本思路和主要措施提出了明確意見，對進一步規範和加強國家重點學科管理，促進國家重點學科建設具有重要的指導意義，必將進一步帶動我國高等教育整體水平全面提高。

    國家重點學科建設的基本思路是：根據建設創新型國家的戰略部署，按照一級學科和二級學科統籌規劃國家重點學科建設，調整優化結構，改革評選方式，堅持重在建設，逐步構建一個相互支撐的國家、地方（部門）和學校三級重點學科建設管理體系，進一步發揮國家重點學科的骨幹和示範作用。在國家重點學科建設過程中，要明確國家、地方（部門）和學校的責、權、利，逐步增加地方（部門）主管部門的統籌力度。

    近期加強國家重點學科建設的工作分三階段進行。第一階段是對已有國家重點學科進行考核評估，第二階段是二級學科國家重點學科的增補與淘汰工作，第三階段是一級學科國家重點學科的認定和部署編制“十一五”國家重點學科建設規劃的工作。目前，教育部正在進行第一階段工作，對已有的965個國家重點學科進行考核評估。考評工作預計在2007年5月完成，並按照建設創新型國家的要求部署國家重點學科的增補與淘汰工作。