2006年4月12日，衛生部臺港澳事務辦公室與香港衛生署、澳門衛生局簽署了《衛生部、香港特別行政區政府衛生福利及食物局、澳門特別行政區政府社會文化司關於突發公共衛生事件應急機制的合作協議》實施細則。香港衛生署署長林秉恩和澳門衛生局局長瞿國英出席了簽字儀式。

    實施細則從三地建立協調人、信息通報、通報信息的使用和發佈、交流與合作、應急準備、應急處置的協調聯動、經費等幾個方面進一步明確了三地共同應對突發公共衛生事件的操作方法和協作流程，《實施細則》將使三地間在公共衛生突發事件的聯合行動和共同防範上更緊密合作。