受國務院新型農村合作醫療部際聯席會議辦公室委託，由北京大學、中國社會科學院、農業部農村經濟研究中心和衛生部統計信息中心組成的評估工作組，于2006年3月至7月對2003年啟動的新型農村合作醫療試點縣的運行狀況進行了全面評估。

    本次評估收集了全國29個省、自治區、直轄市257個第一批試點縣的新型農村合作醫療管理機構、縣醫院和238個鄉鎮衛生院的機構資料，以及17個省32個縣19195戶（共69208人）的入戶調查資料和1471人的補充調查資料，並在18個縣開展了典型調查，進行了近500人（次）的深入訪談或專題小組討論。分為4個專題評估小組（新型農村合作醫療制度、醫療服務提供方、醫療服務需方利用、新型農村合作醫療制度和農村醫療救助相結合情況）對資料進行了系統分析和研究，並撰寫了專題評估報告。在此基礎上，評估組完成了總的評估報告。

    評估結果顯示，新型農村合作醫療試點工作進展比較順利，取得了明顯成效，積累了寶貴經驗，為新型農村合作醫療工作的推廣打下了良好的基礎。新型農村合作醫療的規範管理和運行機制初步形成，基金運轉安全，制度運行平穩，農村居民醫療服務利用率明顯改善，醫藥負擔有所減輕，農民對合作醫療的信心有所增強，促進了農村衛生的發展。

    評估組認為，新型農村合作醫療在組織體系、籌資機制、資金管理和監督管理等方面的制度框架和基本原則，是在總結歷史教訓和試點經驗的基礎上逐步形成的，符合大多數農村實際，在一個時期內可以保持基本穩定，積極推廣和發展。在實施過程中，各地區積極探索適合於本地區實際的合作醫療補償模式、實施方案和管理制度，保證了基本制度框架的統一與因地制宜的結合，具有較強的適用性和發展性。事實證明，儘管新型農村合作醫療在具體運行機制和管理辦法方面，還需要根據形勢的發展、農民群眾的意願以及運行情況逐步調整和完善，但是基本制度是成功的、可行的，是符合農村實際和大多數農民意願的，應該加快推行。

    經過三年多試點，新型農村合作醫療工作取得了以下具體成效。一是政府職責基本到位，明確了政府的籌資責任和管理責任。二是探索了適宜的補償模式。各試點地區因地制宜制定合作醫療實施方案，並根據實際運行情況和農民反映對實施方案及時調整。第一批試點縣合作醫療基金使用率從2004年的71%提高到2005年的91%。三是新型農村合作醫療制度得到農民的廣泛認可，參合率不斷上升。入戶調查表明，有90%的參合農民家庭表示下一年願意繼續參加，在未參加的農民中，有51%的人表示下年度要參加合作醫療。四是農民基本醫療服務利用得到改善，就醫經濟負擔有所減輕。與未開展合作醫療的地區相比，開展合作醫療地區的參合農民兩周門診就診率提高了8.3%（實施門診統籌的地區，兩周門診就診率提高了33.2%），住院率提高了52.7%；農民就醫經濟負擔有所減輕，2004年平均住院費用佔農民純收入的比例從補償前的89%下降到補償後的65%；兩周患病未就診比例降低了10.7%，應住院而未住院率降低了15%。五是促進了農村衛生的發展，強化了醫療服務的規範管理。新型農村合作醫療的建立，改善了農村醫療衛生機構的服務提供，提高了縣、鄉、村醫療衛生機構的資源利用效率。同時，由於合作醫療建立了藥品報銷目錄和嚴格的轉診制度，部分試點地區在運行過程中採取了按病種付費等一系列較嚴格的監管措施，在一定程度上約束了提供者不規範的醫療行為，對控制醫療費的增長起到了一定的作用。合作醫療的開展有利於醫療機構的規範管理，基層醫療機構統計資料和病歷質量明顯改善，計算機管理逐步普及。

    評估發現，試點工作仍然存在一些困難與問題。下一步工作應鞏固試點，健全機制，完善政策，在長效籌資機制、保障水平、管理能力以及監管方面加強工作。

    評估組建議：一是應當逐步建立正常的、穩定的、與社會經濟發展、適宜保障水平以及醫療費用自然增長水平相適應的籌資機制，逐步提高保障水平。有條件的地區要逐步探索按農戶實際收入即按農戶經濟能力繳費的機制。同時，要建立政府籌資水平隨財政收入增長而增加的制度。二是建立健全合作醫療管理體系，加強管理能力建設。明確各級政府及其相關職能部門在合作醫療管理資源配置方面的職責，保證合作醫療相關管理資源的足額配置。三是穩妥推行，保持與政府財力和地方管理能力相適應的推進速度。嚴格執行新型農村合作醫療擴點標準，有條件、有計劃的穩妥推進。在條件比較成熟的省份，可加快新型農村合作醫療的推進速度。四是進一步明確基本制度統一、對不同地區實施分類指導的發展原則。在保持現有基本制度的前提下，允許和鼓勵在有條件的發達地區，新型農村合作醫療逐步與其它社會醫療保險統籌發展。在補償模式上，讓地方管理者在客觀了解各種模式優劣的基礎上，根據本地的實際情況自行做出選擇。五是強化新型農村合作醫療監管，提高管理效率。明確監管主體和監管對象，建立健全監管制度，建立有效的激勵與約束機制。同時，充分發揮農民參與監管的作用。六是推進配套制度改革，改善新型農村合作醫療制度的外部環境。包括加強農村衛生服務體系建設，加強衛生人才隊伍建設，推進農村醫療機構管理體制和補償機制、醫療服務價格、藥品流通體制等相關改革，加大對農村醫療救助的投入力度。