2006年12月28日，國防科工委與江西省人民政府在北京簽署共建東華理工學院協議。國防科工委副主任陳求發和江西省人民政府副省長孫剛代表雙方簽署了共建協議並分別講話。

    根據協議，“十一五”期間，對東華理工學院的管理，繼續實行國防科工委與江西省共建，以江西省管理為主。國防科工委和江西省支持該校整合國防科技學科專業、重點實驗室和科研機構，設立國防科學技術學院。國防科工委將按照“同等優先，擇優扶持”的原則支持該校國防特色學科專業和實驗室建設，並對軍工科研立項、成果申報、成果轉化、以及公派出國留學等工作給予指導和支持,支持該校在國防科技工業高層次人才培養、科學研究等方面加強與國防科技工業企事業單位、軍隊的聯絡與合作；支持該校根據國家有關規定申報博士授權單位和更名大學工作，不斷提高東華理工學院服務國防科技工業和地方經濟建設的實力和水平。江西省將東華理工學院作為重點高校進行建設，繼續支持該校把國防系統作為重要服務面向，進一步深化東華理工學院國防科技人才、江西地方經濟建設人才和海軍後備軍官人才培養基地的內涵建設。

    國防科工委人事教育司、綜合計劃司、科技與質量司、系統工程二司,江西省教育廳、省國防科工辦，有關集團公司的領導以及東華理工學院的教師代表出席了簽字儀式。