為切實落實溫家寶總理加快長三角地區發展的指示精神，配合《關於進一步推進長三角地區改革開放和社會經濟發展的指導意見》（簡稱《意見》）的起草工作，按照國家發改委和國務院研究室的統一部署，科技部負責牽頭組織“增強自主創新能力專題”的研究和起草工作。為了切實了解情況，廣泛聽取意見，2007年6月11日－15日，科技部發展計劃司會同發改委、財政部、教育部、國家知識産權局、環保總局等相關部門和滬蘇浙科技主管部門共同組成的專題工作組，赴長三角地區開展專題調研。調研組在計劃司副司長許倞和副巡視員劉金林同志帶領下，在上海、杭州、蘇州、無錫、南京等地深入多家企業、研發機構、高新區、創新創業服務機構進行實地調研，召開6次由地方政府部門、科研單位、企業、大學等參加的座談會，廣泛聽取了各方意見，參會人員超過了150人次。

    “長三角”地區的科技力量、研發投入和研發機構，都佔全國1/4左右；專利申請量和授權量佔全國總量的1/4以上；高新技術産品出口占了總量的近一半。近年來，長三角地區在推動區域創新體系建設方面做了積極而有益的探索。如簽訂了《滬蘇浙共同推進長三角創新體系建設協議書》，建立了“長三角創新體系建設的聯席會議”制度，在科技基礎條件平臺建設、共建網上技術市場、互認高新技術企業等方面取得了實質性進展。

    調研過程中，來自於地方部門、科研單位、大學、仲介機構、企業的各方面代表對增強長三角自主創新能力，加快長三角率先發展、科學發展提出了很多有建設性的建議。如推動自主創新政策在長三角地區先行先試、加強對長三角區域科技合作的引導、聯合組織重大科技工程、實施創新人才建設行動等等。

    6月15日，發改委和國務院研究室組織召開了起草《意見》的工作會，聽取了各專題牽頭部門和長三角兩省一市的工作進展情況彙報。會議認為，增強自主創新能力對長三角地區率先發展、科學發展非常重要，對專題前期調研工作和成果給予了充分肯定。科技部將在此基礎上，按照工作總體部署，協調相關部門提出增強長三角地區自主創新能力的具體政策意見。