7月13日，科技部與重慶市政府在重慶簽訂了《科學技術部、重慶市人民政府工作會商制度議定書》，並舉行了部市工作會商第一次會議。科技部部長萬鋼、副部長尚勇，重慶市委書記汪洋、市長王鴻舉出席簽訂儀式及工作會議。萬鋼和王鴻舉分別代表雙方在議定書上簽字，尚勇主持簽字儀式及工作會議。

    雙方一致認為，科技部與重慶市建立部市會商機制是科技部助推重慶市統籌城鄉綜合配套改革試驗區建設的重要舉措。通過這個工作對接平臺，雙方將共同在破解全國城鄉統籌發展難題，促進社會和諧發展方面探索新路徑，發揮科技的支撐引領作用。根據會商制度議定書，雙方確定了四個合作主題：一是共同推進全國統籌城鄉綜合配套改革試驗區建設；二是共同推動實施“三峽科技重慶行動”；三是共同推動軍民結合的科技創新示範基地建設；四是共同推動區域科技創新平臺建設及管理運行機制創新。

    萬鋼説，尊重地方的實踐經驗和基層的首創精神，調動和激發地方科技力量的創造力和積極性，不僅是促進地方經濟社會發展的重要因素，也是事關科技工作全局的關鍵環節。因此，新時期科技工作的方向和重點任務之一，就是要瞄準地方經濟和社會發展的重大需求，組織和調動各方面的科技力量，著力解決影響地方經濟和社會發展的重大問題，支撐區域經濟和社會的全面協調發展。他指出，部市會商的指導思想和目的，就是從地方經濟和社會發展的重大需求出發，集成中央和地方的科技力量及相關資源，部市聯動，通力合作，共同推動地方經濟與社會又好又快發展。他説，科技部與重慶市政府建立工作會商制度，是落實西部大開發戰略和胡錦濤總書記重要指示的具體措施，是科技部和重慶市為共同推進區域經濟社會協調發展走出的重要而堅實的一步。他強調，部市會商工作需要認真把握好幾個原則：首先，部市會商的核心是把科技創新更好、更快地根植于區域經濟社會發展之中，推進地方科技進步。準確把握地方經濟社會發展的實際需求至關重要。因此，部市會商首先要在發展思路上密切對接。第二，在思路準確對接的基礎上，上下聯動，集成資源，把事做實，把有限的資源配置好。第三，部市會商要突出重點，不能完全涵蓋或取代地方科技工作的全部內容，要集中力量在幾個重要的方面率先有大的發展，為區域經濟發展和區域創新體系建設創造經驗。

    汪洋表示，重慶將把這次合作作為新的起點，不斷拓展領域，完善合作形式，豐富合作內容，發展合作成果，使科技部、重慶市的合作結出豐碩果實，力爭成為推進創新型國家建設、促進西部地區大發展的典範。

    萬鋼、尚勇等一行還考察了重慶的企業、高校和科研機構。