2007年10月9日，萬鋼在科技部會見了由原成功大學校長馬哲儒教授帶隊的台灣校長參訪團一行12人。

    萬鋼對台灣校長參訪團的來訪表示熱烈歡迎，他首先介紹了國家自主創新戰略以及“十一五”科技工作的規劃和部署。萬鋼在會談中指出，台灣各界對科技的期望值都很高，對科技工作都非常關心；表示歡迎台灣科技産業界人士能經常來大陸參觀訪問，增進相互間的了解與溝通。同時，希望兩岸科技産業界在優勢互補、互惠雙贏的原則基礎上攜起手來，不斷加強兩岸的科技合作與交流，推動兩岸的科技進步和經濟發展，為中華民族的振興做出新的貢獻。會見中，雙方還就如何擴大海峽兩岸教育和科技界的交流與合作等相互關心的問題進行了探討。

    陪同萬鋼一起會見的有科技部國際合作司孟曙光副司長、中國科技交流中心赫文平副主任等。