為了迎接黨的十七大的勝利召開，民航總局辦公廳、民航總局黨委辦公室、中國民航報社共同編寫了《推進建設民航強國的宏偉事業——黨的十六大以來中國民航大事記》。
這個大事記集中記述了黨的十六大以來的五年間，中國民航全行業在黨中央、國務院的正確領導下，堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，認真貫徹落實科學發展觀，堅決執行黨中央、國務院的重大決策和部署，提出並實施民航強國戰略，堅持安全第一，堅持改革開放，堅持科教興業，推動科學發展，構建和諧民航，在建設民航強國的征途上邁出的堅實步伐和取得的巨大成就。
二○○二年
11月8日—14日 民航代表楊元元、張元鬥、夏興華、王存浩、李家祥、陳峰參加中國共産黨第十六次全國代表大會。14日，民航總局局長、黨委書記楊元元當選為中國共産黨第十六屆中央委員會委員。
11月20日 民航總局印發《山東、湖南、青海三省民航行政管理和機場管理體制改革試點實施方案》，全面啟動民航省（區、市）行政管理和機場管理體制改革試點工作。
11月28日—29日 民航總局黨委在北京召開學習貫徹黨的十六大精神擴大會議，研究和部署民航系統如何進一步學習領會和貫徹落實黨的十六大精神。黨委書記楊元元發表講話，首次提出在本世紀頭20年實現從民航大國到民航強國歷史性跨越的民航行業發展戰略。
12月28日 民航總局局長楊元元和天津市副市長王述祖一起為首都機場集團公司揭牌，標誌著首都機場集團公司正式宣告成立，同時也標誌著京津兩大機場正式實現聯合。 首都機場集團公司是以北京首都機場集團公司為基礎，聯合天津濱海國際機場、中國民航機場建設總公司、金飛民航經濟發展中心、中國民航工程諮詢公司組建的大型國有企業。
2002 年，民航全行業完成運輸總週轉量165億噸公里，同比增長16.8%；旅客運輸量8594萬人，同比增長14.2%；貨郵運輸量202萬噸，比上年增長18.2%。2002年中國民航定期航班運輸總週轉量（不含港、澳）在國際民航組織締約國中排名第5位。2002年全行業完成通用航空飛行5.76萬小時，比上年增長2.9%。至年底航線總數1176條，通航里程163.77萬公里（不重復距離）。國內通航城市130個，通航機場139個（不含港澳），國外通航32個國家的67個城市。內地有37個城市通航香港，8個城市通航澳門。截至2002 年底，民航全行業運輸飛機602架，比2001年增加36 架。全行業在冊運輸飛機平均日利用率為8.6小時，比上年提高0.3小時；正班客座率64 %，比上年提高2個百分點；正班載運率60.7%，比上年提高2.2個百分點。2002年全行業平均航班正常率75.65%。2002年全行業實現主營業務收入1134億元，虧損16億元。2002年全行業完成基本建設投資120億元。
二○○三年
1月5日 位於青浦的民航上海區域管制中心舉行奠基儀式。 根據民航總局的規劃、國家計委的批准，民航將在北京、上海、廣州分別建立三大區域管制中心。
1月6日—7日 全國民航航空安全工作會議在北京召開。楊元元局長作了講話，劉紹勇副局長作工作報告。國家安全生産監督管理局副局長閃淳昌到會並講話。楊元元在講話中強調，安全管理必須嚴格，首次提出“五嚴”，即嚴在組織領導上、嚴在規章標準上、嚴在監督檢查上、嚴在教育培訓上、嚴在系統完善上。
1月10日 國務院總理朱鎔基、中央軍委主席江澤民簽署命令批准了《通用航空飛行管制條例》，該條例于2003年5月1日施行。這是我國首次發佈這樣的條例，該條例的頒布和實施對於推動我國通用航空事業的發展，對於合理開發和充分利用我國空域資源，保證飛行安全，有著重要意義。
1月23日—24日 全國民航工作會議在北京召開，楊元元局長作了題為《全面貫徹落實黨的十六大精神開創民航持續快速健康發展的新局面》的工作報告，高宏峰副局長作總結講話。楊元元在報告中論述了本世紀頭20年民航發展的奮鬥目標，使我國實現從民航大國向民航強國的歷史性跨越，並提出了8個方面的具體目標。他同時指出，要用“三個代表”重要思想統攬民航發展全局。發展先進生産力是建設現代化民航、實現民航強國目標的中心任務；弘揚和培育先進的行業文化是建設現代化民航、實現民航強國目標的內在要求；始終為人民的利益服務是建設現代化民航、實現民航強國目標的根本目的。
1月26日—2月10日 台灣中華、復興、遠東、長榮、立榮、華信6家航空公司從台北、高雄經由香港、澳門飛行至上海，執行16架次春節臺商包機，運送2478人，實現了53年來台灣民航飛機在正常情況下、經正式批准的到祖國大陸的首次飛行。
2月11日 由國際民航組織發起的中國、韓國、蒙古和朝鮮四國參加的北亞地區運行安全及持續適航合作組織成立，主席為中國民航總局局長楊元元，辦公室設立在中國北京。4月8日—9日，由國際民航組織召集的北亞地區運行安全及持續適航合作項目指導委員會第一次會議在京舉行，會議決定成立北亞地區航空安全小組。9月23日—25日，北亞地區航空安全小組在北京召開了第一次會議，國際民航組織、美國聯邦航空局、歐洲聯合民航局專家參加會議。
2月21日 民航總局黨委召開會議研究機關改革方案，決定對總局機關機構及職責進行調整，將原12個司局辦的141項職責調整為11個司局辦的137項職責。4月18日，民航總局下發《關於印發〈民航總局機關有關部門主要職責〉的通知》和《關於印發〈民航總局機關各部門人員編制、司局級領導職數和內設處級機構方案〉的通知》。
3月4 日 民航總局印發了《中國民用航空地區行政機構改革實施方案》及相關配套文件。吳邦國、溫家寶等中央領導對該方案作出了重要批示。
3月24日—29日 楊元元局長率中國民航代表團參加國際民航組織在蒙特利爾召開的第五次全球航空運輸大會。
4月1日 民航總局首次允許外國航空公司貨運航班經我國境內飛抵第三方，新加坡貨運航空公司每週2班運營新加坡—廈門—南京—芝加哥、芝加哥—南京—新加坡航班。
4月8日 民航總局成立非典型肺炎預防控制工作領導小組，楊元元局長任組長，楊國慶副局長和飛標司司長饒紹武任副組長，總局辦公廳，運輸司、國際司、飛標司、適航司，公安局、黨辦和總局空管局等單位的負責人為領導小組成員。領導小組下設辦公室，日常工作由飛標司民用航空衛生處承擔。領導小組召開第一次會議，會議通過了領導小組及各成員單位的職責分工，討論《民航系統預防控制非典型肺炎防治工作預案》，全面佈置了民航系統防控非典型肺炎工作。4月至5月，民航總局預防控制非典型肺炎工作領導小組就民用航空運輸防控非典工作中涉及客運、貨運、旅客健康申報和體溫檢測、航空垃圾處理、環境衛生整治和消毒處理規範、信息報告程序、發熱旅客排查和接觸旅客判定和處理程序等方面，召開領導小組會議5次，下發文件17個。
同日 民航總局以117號令的形式廢止其中的一部分規章和規章性文件，並對1990年至2002年12月31日公佈的民用航空規章中已明令廢止的14個民用航空規章和25個規章性文件統一公佈。
4月15日 民航總局、公安部、財政部、人事部聯合發佈了《空警組建工作方案》。6月17日，四部委共同召開了中國民航空中警察組建工作電視電話會議，空警組建工作正式啟動。9月30日，中國民航空中交通警察總隊黨委成立。
5月21日 阿爾及利亞北部地區發生強烈地震，造成重大人員傷亡，我國政府派出國際救援隊奔赴地震災區參加救援。國航飛行總隊緊急受命，承擔了赴阿專機的飛行任務。在執行任務的8天時間裏，專機組安全飛行19667公里，完成起降3次，累計空中飛行時間24個小時，確保了專機飛行的安全和正常，圓滿完成了專機任務。
6月11日 民航總局黨委下發《關於認真學習〈“三個代表”重要思想學習綱要〉的通知》；18日，下發《關於轉發〈中共中央關於在全黨興起學習貫徹“三個代表”重要思想新高潮的通知〉的通知》。
6月25日 民航總局批准民航烏魯木齊管理局體制改革實施方案，撤銷民航烏魯木齊管理局，分別成立中國民用航空新疆管理局、中國民用航空新疆管理局空中交通管理局和新疆機場集團公司。
6月26日 民航總局召開全國民航局長總經理電視電話會議，楊元元局長作工作報告，會議對抗擊非典及上半年的全面工作進行了總結，對下半年工作進行部署，並就當前形勢提出行業振興的具體目標和措施。30日，民航總局下發《關於實施民航振興計劃的通知》。9月24日，民航總局召開民航振興電視電話會議，楊元元局長作講話，動員全行業努力實現民航振興目標。
同日 民航總局召開民航改革專題電視電話會議，部署地區管理局機關機構改革和省（區、市）民航管理體制改革工作。
7月1日 海南開放航權試點工作聯合領導小組第一次會議在海口召開，標誌著海南開放部分航權工作正式起步。該次會議審議了“海南開放第三、四、五航權工作方案”，並成立了“海南開放部分航權試點工作聯合領導小組”。民航總局副局長楊國慶、海南省副省長劉琦出席了會議。
7月7日 民航總局黨委研究通過《關於特聘技術專家和中青年技術帶頭人選拔管理辦法》，決定每年在民航重點專業技術領域選拔30名特聘專家、100名青年技術帶頭人予以重點扶持和培養，以組建民航專家隊伍。
7月15日 民航國內航空運輸價格改革方案聽證會在北京舉行。
7月28日 民航總局向重組合併後的中國國際航空公司頒發了運行合格證書和運行規範。中國民航三大航空集團重組後，中航集團旗下的主業公司中國國際航空公司率先實現一體化運行。
8月8日 中共中央政治局常委、國務院總理溫家寶到北京首都國際機場視察機場建設工作，中共中央政治局常委、國務院副總理黃菊和中共中央政治局委員、國務院副總理曾培炎，國務委員兼國務院秘書長華建敏等同志一起視察。
8月30日 民航總局和公安部聯合印發了經國務院領導批示同意的《民用機場公安機構改革方案》。
9月4 日 國務院批復同意了《省（區、市）民航機場管理體制和行政管理體制改革實施方案》。省（區、市）民航管理體制改革進入全面實施階段。
9月22日 楊元元局長向全民航發出了《奮戰一百天，實現運輸飛行安全年》——致民航全行業幹部職工的公開信，號召全民航幹部職工在距年底100天的時間裏，再接再厲，團結奮戰，確保實現全年不發生運輸飛行事故的目標。
9月26日 南航股份有限公司與首都機場控股的北京空港地面服務有限公司（BGS）在北京人民大會堂正式簽約，雙方共同投資1800萬元，各佔50%的股份，組建“首都南航地面服務有限公司”，共同經營裝修後的首都機場一號航站樓，為南航集團旗下的南航股份、北方公司、新疆公司、廈門航空、四川航空5家公司提供高品質的航空地面服務。
9月30日 民航總局黨委研究通過對西部支線機場建設補助方案。
10月30日 北京—上海—廣州航路實施雷達管制。
11月6日 民航總局局長楊元元和新加坡交通部長姚照東為中新機場管理培訓學院揭牌，該學院是中新兩國政府間在民航方面重要的合作項目之一，2003年經中國民航總局和福建省政府批准在廈門成立，是我國第一家中外合作並擁有辦學許可證的機場管理專業培訓機構。
11月16日 備受矚目的北京首都國際機場新航站區設計方案確定，來自英國、荷蘭組成的機場設計聯合體的設計方案中標。
12月1日—3日 民航總局黨委召開黨委擴大會議，認真學習貫徹黨的十六屆三中全會精神及中直和中央國家機關領導班子思想政治建設座談會精神，原則通過《民航總局黨委關於貫徹落實黨的十六屆三中全會精神若干問題的決定》。會上，黨委書記楊元元作了講話，提出了在新的形勢下強化行業管理的八條思路，即：維護國家利益、公眾利益和企業利益並重的思路；努力為社會公眾、航空公司、機場和其他企事業單位服務的思路；依法行政的思路；民主決策、民主立法和政務公開、政務透明的思路；市場機制建設要加快、宏觀調控要加強、微觀放活要堅決的思路；以開放促改革促發展的思路；推進競爭、反對壟斷，推進公平、合理競爭，反對不正當競爭、無序競爭，以公平競爭、合理競爭促進民航持續快速健康發展的思路；切實維護好行業系統性的思路。
12月17日 國務院總理溫家寶在2472號專機上為民航工作作重要題詞：“深化民航體制改革，建設一支過得硬的高素質民航隊伍。為此要嚴格管理，嚴明制度，嚴肅紀律，切實做到安全第一，提高服務質量，提高經濟和社會效益。民航的改革和發展大有可為。”
同日 人類實現有動力飛行100週年。民航總局從6月至12月在全行業組織開展“人類動力飛行百年”系列紀念活動。在《中國民航報》開闢專欄，出版百年特刊；12月7日舉辦大型文藝晚會；編輯出版《今日中國民航》畫冊；與中央電視臺聯合拍攝電視專題片《志搏藍天——中國民航紀念人類動力飛行百年》于12月14日、15日在中央電視臺1套、10套節目中播出。
12月22日 全國民航工作會議在北京召開，楊元元局長代表民航總局作了題為《全面貫徹落實黨的十六屆三中全會精神，推動民航持續快速協調健康發展》的工作報告，高宏峰副局長作總結講話。國務院副總理黃菊與部分會議代表座談並講話。
2003年，全行業完成運輸總週轉量171億噸公里，比上年增長3.6％；旅客運輸量8759萬人，比上年增長1.9％；貨郵運輸量219萬噸，比上年增長8.4％。2003年中國民航定期航班運輸總週轉量（不含港、澳）在國際民航組織締約國中排名第5位。2003年全行業完成通用航空飛行6.35萬小時，比上年增長10.3％。至年底航線總數1155條，通航里程174.95萬公里（不重復距離）。國內通航城市125個，通航機場126個（不含港澳），國外通航32個國家的72個城市。內地有35個城市通航香港，9個城市通航澳門。截至2003年底，民航全行業運輸飛機664架，比上年底增加62架。全行業在冊運輸飛機平均日利用率為8.0小時，比上年下降0.6小時；正班客座率64.9%，比上年提高0.9個百分點；正班載運率61.9%，比上年提高1.2個百分點。2003年平均航班正常率為79.8%。2003年，全行業實現主營業務收入1269億元，虧損43億元。2003年全行業沒有發生航空運輸飛行事故。2003年全行業完成基本建設投資135億元。2003年我國與埃塞俄比亞、冰島、尼泊爾正式簽署航空運輸協定。 2003年中國南方航空股份公司的“航空公司運行管理與控制的研究與應用”獲國家科技進步二等獎。
二○○四年
1月12日—13日 全國民航安全工作會議在北京舉行，會議總結了2003年安全工作，部署了2004年安全工作任務。民航總局副局長劉紹勇作了題為《嚴格管理，嚴明制度，嚴肅紀律，嚴謹作風，全面提高民用航空安全水平》的工作報告。民航總局局長楊元元和國家安全生産監督管理局副局長王德學到會並講話。
1月18日 民航總局黨委下發《民航總局黨委關於貫徹落實黨的十六屆三中全會精神若干問題的決定》。
2月27日 中共中央政治局常委、國務院副總理、國家處置劫機事件領導小組組長黃菊主持召開國家處置劫機事件領導小組第三次全體會議。會議原則同意領導小組辦公室提出的《關於進一步加強反劫機工作的意見》。7月27日，國務院和中央軍委辦公廳下發的國辦發〔2004〕61號文件轉發了該意見，要求各省（區、市）要建立省級處置劫機事件領導小組，各省（區、市）政府承擔對機場空防安全工作的管理責任。
2月28日 中國航空集團公司、山東經濟開發投資公司和山東航空集團公司在濟南簽署了股權轉讓與合作協議。根據這個協議，中航集團將持有山航集團48%的股份，同時持有山東航空股份有限公司22.8%的股份。民航總局局長楊元元、山東省省長韓寓群出席簽字儀式並講話。
3月5日 民航總局下發《民航總局關於進一步加強民航空管工作有關問題的意見》。
3月18日 民航總局、國家發改委聯合下發《中國民用航空總局、國家發展和改革委員會關於國內航空運價管理有關問題的通知》，配合《民航國內航空運輸價格改革方案》的實施就有關問題進行了説明。《民航國內航空運輸價格改革方案》于2004年4月20日正式實施。根據《改革方案》的規定，今後國內航空旅客運輸，將以現行航空運輸企業在境內銷售執行的國內各航線票價水平（不含燃油加價）作為基準價，允許航空運輸企業在上浮幅度不超過基準價的25%、下浮幅度不超過基準價的45%的範圍內，自行制定具體票價種類、水平、適用條件，提前報民航總局、國家發展改革委備案，並向社會公佈後執行。
3月28日 北京首都國際機場擴建工程開始建設，中共中央政治局委員、北京市市委書記劉琪，北京市市長王岐山，國家發改委副主任張曉強，民航總局局長楊元元、副局長楊國慶等出席開工儀式。
4月6日 民航總局局長楊元元、副局長李軍在京出席第3屆中美航空論壇。論壇期間，楊元元局長會見美國運輸部副部長並與美國聯邦航空局局長共同商議達成建立中美航空合作項目的意向，李軍副局長代表民航總局在北京與美國貿易發展署署長簽署《中美航空合作項目（ACP）諒解備忘錄》。
4月12日 民航總局加強民航空管工作座談會在洛陽召開。民航總局局長楊元元在會上講話，指出要堅持科學發展觀，大力實施空管創新，推動民航空管事業全面協調可持續發展。會上宣佈了《民航總局關於進一步加強民航空管工作有關問題的意見》，即加強民航空管工作“十八條”意見。
4月19日—23日 亞太經合組織運輸工作組第23次會議在北京舉行。此次會議圍繞更具競爭的運輸業、安全和有利環境的運輸體系以及人力資源開發三個重要議題進行多方面、廣泛的討論和交流。民航總局局長楊元元代表中國民用航空總局、交通部和鐵道部發表了講話。楊元元在會上指出，近年來中國民航主動適應全球航空運輸自由化的趨勢，努力滿足國民經濟和社會發展對國際航空運輸的需求，引入競爭機制，積極、有序、分階段地開放市場準入，以使中國國際航空運輸市場體系更加開放、更具活力。
5月27日 三亞區域管制中心建設工程竣工投産。
6月1日 民航總局發佈《關於貫徹落實國務院<全面推進依法行政實施綱要>的意見》。
6月5日 中日兩國民航界人士在北京歡聚一堂，共同紀念中日定期航班開通30週年。
7月8日 民航總局將甘肅省內原由民航總局直接管理的蘭州中川機場等4個機場移交甘肅省人民政府管理，民航甘肅安全監督管理辦公室和甘肅省機場集團有限公司掛牌成立。至此，原由民航總局直接管理的90個機場全部移交地方政府管理，國務院2002年6號文件規定的民航體制改革各項任務已基本完成。24日，向國務院報送了《關於民航體制改革工作的總結報告》。
7月24日 民航總局局長楊元元與美國運輸部長在北京簽署《中美航空運輸協定議定書》。
7月28日 中國聯合航空公司轉讓給上海航空股份有限公司簽字儀式在北京釣魚臺國賓館舉行，中聯航轉讓給上航後，將成為獨立經營、核算的新聯航。新聯航將繼續使用中國聯合航空公司的名稱，以及國際航空運輸協會註冊代號（HR）、聯航運營的航線經營權等。
8月2日 廣州新白雲國際機場舉行簡短隆重的落成慶典，中共中央政治局委員、廣東省委書記張德江，廣東省省長黃華華，廣州市市委書記林樹森，廣州市市長張廣寧和民航總局局長楊元元、副局長楊國慶等出席大會併為新機場落成剪綵。民航總局局長楊元元為新白雲機場頒發《廣州白雲國際機場使用許可證》。8月5日清晨，新白雲機場正式開始航班運營。老白雲機場在運行了72年後，完成了它的歷史使命，于當日零時零分正式關閉。
8月4日 中國國際航空公司成為北京2008年奧運會航空客運合作夥伴。
8月19日 中組部任命王昌順同志為中國民用航空總局黨委委員。9月1日，國務院任命王昌順同志為中國民用航空總局副局長。
8月23日 民航總局局長楊元元簽發民航總局第127號令，發佈《外國公共航空運輸承運人運行合格審定規則》（編號CCAR-129），自2005年1月1日起施行。11月23日，《外國公共航空運輸承運人審定及監督程序手冊》發佈，指導對外國航空承運人實施運行合格審定和持續監督檢查工作。
8月24日 中國民用航空協會會員大會在京通過《關於中國民用航空協會改革方案的決議》。《決議》包括四項：籌備成立中國航空運輸協會；籌備成立中國民用航空機場協會；上述兩個協會正式成立之日，即中國民用航空協會撤銷之時；民航行業內其他領域的企事業單位，可根據自身業務特點，自願加入相關的協會，也可以在條件成熟時由企業自發依法成立本領域內的行業協會。
9月24日—10月5日 民航總局局長楊元元率中國民航代表團赴蒙特利爾出席國際民航組織第35屆大會。
10月2日 在國際民航組織第35屆大會上，我國首次當選為國際民航組織理事會一類理事國。中國是國際民航組織的創始成員國，曾于1947年當選為二類理事國。1971年，中國恢復在聯合國的合法權利後，也恢復了在國際民航組織的合法權利，並於1974年9月在該組織第21屆大會上再次當選為二類理事國。之後30年中國一直連選連任為二類理事國。
10月26日 中國民航博物館工程在北京首都機場輔路200號奠基。民航總局局長、中國民航博物館建設領導小組組長楊元元出席奠基儀式並講話，民航總局原副局長、中國民航博物館建設領導小組副組長鮑培德出席奠基儀式。
11月8日 民航總局下發《民航總局關於進一步加強航空安全工作的決定》，同日，總局召開了宣傳貫徹《民航總局關於進一步加強航空安全工作的決定》電視電話會議，楊元元局長在會上作了講話。
11月21日 東航雲南公司CRJ200／3072號機在執行包頭—上海航班任務時墜毀，機上乘客47 人，機組6人，地面2人遇難。
11月30日 民航總局召開全國民航緊急安全工作電視電話會議，傳達貫徹中央領導的重要指示和批示，部署加強全行業安全工作。會上，王昌順副局長通報了“11·21”事故發生及善後工作情況，高宏峰副局長通報了事故發生後開展安全大檢查的情況，楊元元局長作了講話，指出，要認真貫徹落實中央領導同志的重要指示和批示；正確看待目前安全形勢，增強做好安全工作的信心；防微杜漸，狠抓落實，真正做到安全第一；認真查處“11·21”事故，查明原因，接受深刻教訓。
12月15日 中國國際航空股份有限公司在香港和倫敦同時上市。國航在香港聯合交易所股票代碼是“753”，在倫敦交易所的交易代碼為“A IRC”。中國國際航空股份有限公司是由聯合重組後組建的新的中國國際航空公司于2004年9月30日改制創立的。
12月27日—28日 全國民航工作會議在北京召開，民航總局局長楊元元作題為《全面落實科學發展觀，實現民航持續快速協調健康發展》的工作報告，高宏峰副局長作總結講話。國務院副總理黃菊與部分會議代表座談並講話。國家發改委副主任張曉強以及國家有關部委的負責人出席會議。
2004年，全行業完成運輸總週轉量231億噸公里，比上年增長35.2％；旅客運輸量12122.9萬人，比上年增長38.4％；貨郵運輸量276.6萬噸，比上年增長26.3％。2004年中國民航定期航班運輸總週轉量（不含港、澳）在國際民航組織締約國中排名第3位。2004年全行業完成通用航空飛行7.53萬小時，比上年增長18.5％。截至年底航線總數1279條，通航里程205萬公里（不重復距離）。國內通航城市132個，通航機場133個（不含港澳），定期航班國外通航33個國家的75個城市。內地有38個城市通航香港，7個城市通航澳門。截至2004年底，民航全行業運輸飛機754架，比上年底凈增加93架。全行業在冊運輸飛機平均日利用率9.4小時，比上年增加1.4小時；正班客座率69.6%，比上年提高4.7個百分點；正班載運率64%，比上年提高2.1個百分點。2004年全行業平均航班正常率為79.9%。2004年全行業實現主營業務收入1690億元，實現利潤76億元。2004年發生運輸飛行事故1起。2004年全行業完成固定資産投資211億元。2004年我國與澳大利亞、阿根廷、墨西哥正式簽署航空運輸協定。
二○○五年
1月9日—10日 全國民航航空安全工作會議在北京召開。楊元元局長作了講話，王昌順副局長作了題為《推行目標管理，抓好專項整治，努力開創民航安全工作新局面》的工作報告。
1月17日 杭州蕭山國際機場有限公司與香港機場管理局正式在香港簽訂蕭山機場合資項目意向書：香港機場將注資本金20億元，取得杭州機場35%股權，雙方正式締結戰略合作夥伴關係；兩地將全方位合作，著力將杭州機場打造成我國又一重要航空港。
1月24日 民航總局、商務部和國家發改委共同發佈民航總局第139號令《〈外商投資民用航空業規定〉的補充規定》（CCAR-201LR-R2），自2月24日起施行。
1月27日 民航總局黨委召開2005年民航反腐倡廉工作電視電話會議，貫徹落實胡錦濤總書記在中紀委第五次全會上重要講話和吳官正同志的工作報告，學習貫徹黨中央關於《建立健全教育、制度、監督並重的懲治和預防腐敗體系實施綱要》，並對2004年民航反腐倡廉工作進行總結，部署2005年工作任務。監察部副部長屈萬祥到會進行指導，總局黨委書記、局長楊元元作了講話，總局黨委委員、紀委書記嚴智澤作了題為《加強預防強化監督深入開展民航黨風廉政建設和反腐敗鬥爭》的工作報告。
1月29日 在美國華盛頓和法國巴黎，中國代表團分別簽下了兩個購機協議。中國六家航空公司就購買60架B787飛機和波音公司簽訂了初步協議。中國南方航空股份有限公司與空中客車公司簽署訂購5架A380飛機的框架協議。這是中國客戶首次訂購B787飛機和A380飛機。
1月29日—2月20日 國航、東航、南航、上航、廈航、海航和台灣中華、長榮、遠東、復興、華信、立榮共12家航空公司在北京、上海、廣州至台北、高雄5個地點間共飛行48班往返春節包機，運送臺商及其眷屬10842人。這是祖國大陸民航飛機與台灣民航飛機首次雙向對飛。
2月28日 第十屆全國人民代表大會第14次常務委員會批准《統一國際航空運輸某些規則的公約》（《1999年蒙特利爾公約》），6月1日，我國向國際民航組織交存了公約批准書，6月6日，國際民航組織秘書長謝裏夫通知中國代表處，公約將於7月31日對中國生效，7月31日，公約對中國正式生效。
3月1日 民航總局召開民航系統安全生産專項整治動員電視電話會議，對在全行業開展十項安全生産專項整治工作進行了全面動員和部署，成立了以楊元元局長為組長，其他總局領導為副組長的專項整治工作領導小組和10個專項整治小組。
3月11日 奧凱航空有限公司正式開航，成為中國內地首家成功飛上藍天的民營航空公司。當日，奧凱航空公司在其基地天津濱海機場舉行了首航暨開業儀式，民航總局副局長楊國慶和天津市、民航總局相關司局及民航華北管理局相關領導出席了儀式。
3月29日—30日 全國民航科教大會在北京召開，部署實施2005—2010年民航行業科教興業和人才強業戰略，確定新時期民航科教工作的指導方針、目標和任務。
4月1日 《航空煤油銷售價格改革方案（試行）》開始執行，國內航班航空煤油銷售價格實行政府指導價，國內航空公司國際及港澳航班航空煤油銷售價格由政府定價改為市場調節價。
5月19日 中國東方航空股份有限公司召開新聞發佈會，宣佈向東航集團收購其全資下屬子公司——中國東方航空西北公司和中國東方航空雲南公司，並擁有其全部航空主業及關聯資産。至此，中國三大民用航空運輸集團主業重組工作全部完成。
5月29日—6月1日 民航總局局長楊元元赴日本出席第61屆國際航空運輸協會年會暨世界航空運輸峰會。會上，楊元元被國際航協理事會授予世界航空領導者獎。
6月3日 民航總局黨委在北京召開擴大的中心組學習研討會，主題為促進支線航空運輸發展。
6月30日—7月1日 中國—歐盟航空峰會在北京召開，探討中國與歐盟如何進一步加強在民航領域的合作，中共中央政治局常委、國務院副總理黃菊出席開幕式並致辭，來自歐盟各國和中國的200多位代表參加了會議。
6月31日 《國家處置民用航空器飛行事故應急預案》和《國家處置劫機事件應急預案》發佈實施。
7月11日 民航總局印發《中國民航2008年北京奧運行動計劃》。
7月13日 美國聯邦快遞公司與廣東省機場管理集團公司在廣州簽署了合建廣州白雲國際機場聯邦快遞亞太轉運中心協議。根據協議，聯邦快遞將在位於中國華南地區的廣州白雲國際機場建立其新的亞太區轉運中心。
8月10日 民航總局與西藏自治區人民政府共同慶祝西藏通航暨安全飛行40週年。
8月15日 《國內投資民用航空業規定（試行）》開始施行。該規定放寬了民航業的投資準入及投資範圍。
9月2日 民航總局黨委討論通過《關於促進國際航空運輸發展的意見》。
9月9日 中國航空運輸協會第一屆全國會員代表大會召開，中國航空運輸協會正式成立。9月26日，中國航空運輸協會成立慶典大會在北京全國政協禮堂隆重舉行。民航總局局長楊元元到會祝賀併為中國航協授旗，民航總局副局長高宏峰到會祝賀並講話。中國航協是行業自律組織，依據民航總局黨委《關於民航協會改革指導意見》自2004年8月開始籌備。中國航協由中國航空集團公司牽頭，中國東方航空集團公司、中國南方航空集團公司、海南航空股份公司、上海航空股份公司、中國民用航空學院、廈門航空有限公司、深圳航空股份有限責任公司、四川航空股份公司等9家單位聯合發起創立。
9月26日 民航總局成立突發事件應急工作領導小組及辦公室。
10月7日 《民用航空器飛行事故應急反應和家屬援助規定》發佈實施。
10月16日 民航總局與天津市政府共建“民航科技産業化基地”簽字儀式在天津舉行。
10月18日—23日 民航總局楊元元局長出訪美國，其間楊元元局長與美國聯邦航空局局長分別代表兩國政府簽署了中美雙邊航空安全協定，與美國貿發署（TDA）署長簽署了關於中美航空合作項目的協議。
11月2日—4日 民航總局承辦的國際航空婦女聯合會論壇在上海舉行，民航總局楊元元局長到會並致開幕詞。
11月22日—25日 民航總局黨委召開擴大的中心組學習研討會，深入學習領會《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第十一個五年規劃的建議》，並圍繞《關於民航“十一五”規劃及改革發展若干重大問題的討論提綱》進行了廣泛、深入的研討。楊元元局長作了講話，提出“建設新一代民用航空運輸系統”的構想。構建新一代民用航空運輸系統的目標具體包括以下八個方面：帶有前瞻性地綜合改進和發展機場設施；建立新型的高效、透明、多層次、非干擾式的機場安全檢查系統；充分應用新科技，改變空中管理的理念，建立一個適應環境動態變化的空中交通管理系統；建立行業綜合性公共信息網絡平臺；建立法制、科學、綜合、積極主動式的安全管理系統；全面、系統地提高天氣觀測和預報水平，大大減少天氣對飛行的影響；建立適應國際新技術、新標準、新程序的適航審定系統；全面建設有中國傳統文化特色的企業文化和行業文化。
11月25日 民航廣州區域管制中心工程轉入正式運行，這標誌著民航北京、上海、廣州三大區域管制中心已相繼投入運行，在其中任何一個管制中心，空中交通管制員都能及時、準確地掌握空中飛行動態，同時指揮1500架飛機。三大區域管制中心工程建設歷時5年，總投資超過20億元，是我國民航歷史上最大的空管基礎設施建設項目。其中，北京區域管制中心工程于2004年10月13日通過了行業驗收，同年12月1日按期投入正式運行；上海區域管制中心工程于2005年5月10日通過行業驗收，8月1日投入正式運行；廣州區域管制中心工程于2005年8月31日通過行業驗收。
11月26日 民航總局下發《民航總局關於促進支線航空運輸發展的若干意見》。《意見》中的措施主要包括：對支線航空運輸發展實施分類指導，放寬支線航空運輸的市場準入，積極增加支線航空運力，大力加強支線航空機場建設，對部分支線運輸和機場經營實行政策性補貼等等。
12月5日 空中客車公司與中國航空器材進出口集團公司在巴黎簽署了訂購150架 A320系列飛機的框架協議。這是空中客車公司進入中國20年以來簽署的最大單筆飛機訂單，創造了空中客車在中國銷售飛機的一項新紀錄。
12月7日 民航總局局長楊元元與新疆維吾爾自治區人民政府主席司馬義·鐵力瓦爾地在烏魯木齊共同簽署了《關於加快新疆民航發展的會談紀要》。
12月22日 上海浦東國際機場二期擴建工程正式全面開工建設。
12月26日 全國民航工作會議在北京召開，民航總局局長楊元元作了《2005年民航工作回顧和2006年工作要點》、《民航總局黨委關於深化改革若干重大問題的意見（討論稿）》、《民航發展“十一五”規劃及2020年遠景展望（草案要點）》等三個報告。中共中央政治局常委、國務院副總理黃菊與部分與會代表進行座談。
2005年，全行業共完成運輸總週轉量261.27億噸公里，比上年增長13.1％；旅客運輸量1.38億人，比上年增長14.1％；貨郵運輸量306.7萬噸，比上年增長10.8％。2005年中國民航定期航班運輸總週轉量（不含港、澳）在國際民航組織締約國中排名第2位。2005年全行業完成通用航空作業飛行小時8.49萬小時，比上年增長12.7％。至年底定期航班航線總數為1257條，通航里程199.85萬公里（不重復距離）。定期航班國內通航133個城市（不含香港、澳門），內地38個城市通航香港，4個城市通航澳門。國外通航33個國家的75個城市。截至2005年底，民航全行業運輸飛機863架，比上年底凈增加109架。全行業在冊運輸飛機平均日利用率為9.3小時，比上年降低0.1小時；正班客座率平均為71.5％，比上年提高1.9個百分點；正班載運率平均為65.0％，比上年提高1.0百分點。2005年全行業平均航空正常率為82%。2005年全行業實現主營業務收入2084億元，實現利潤29億元。2005年全行業沒有發生航空運輸飛行事故。2005年全行業固定資産投資212億元。2005年我國與加拿大、肯尼亞正式簽署航空運輸協定。2005年《新一代空中交通服務平臺、關鍵技術及其應用》獲得國家科學技術進步一等獎，《機場行李自動分檢系統》獲得國家科學技術進步二等獎。
二○○六年
1月9日—10日 全國民航航空安全工作會議召開。楊元元局長作了講話，王昌順副局長作了題為《落實責任，深化整治，創新管理，夯實基礎，努力實現新的航空運輸安全年》的工作報告。
1月16日 民航總局楊元元局長簽署《中國民用航空國內航線經營許可規定》（民航總局令第160號），自2006年3月20日起施行。
1月18日 民航總局局長楊元元與內蒙古自治區主席楊晶簽署了關於加快內蒙古民航發展的會談紀要。“十一五”期間,民航總局將進一步加大對內蒙古自治區民航基礎設施建設的投資力度，促進內蒙古民航事業持續快速健康發展。
1月20日—2月7日 2006年兩岸春節包機進一步實現了“增開廈門航點”、“擴大旅客範圍”和“大陸先遣人員赴臺”等新突破。海峽兩岸12家航空公司在北京、上海、廣州、廈門至台北、高雄間共飛行了72班往返包機，運送臺胞27276人。24日，民航總局副局長高宏峰在廈門出席包機首航儀式。25日，民航總局副局長楊國慶在北京出席包機首航儀式。
1月29日 國務院批准《國內航空運輸承運人賠償責任限額規定》。該規定廢止了1989年2月20日國務院發佈、1993年11月29日國務院修訂後重新發佈的《國內航空運輸旅客身體損害賠償暫行規定》，提高了國內民用航空運輸賠償限額，將承運人對於旅客的賠償責任限額由7萬元提高到40萬元。
3月1日 精密導航技術（RNP）驗證飛行在拉薩機場獲得成功。3月1日11時45分，國航西南分公司編號為B2836的波音757-200飛機平穩降落在拉薩貢嘎機場，此次飛行是全亞洲首次RNP項目驗證飛行，也是全球首次將RNP技術運用於高原機場。該技術的成功運用意味著航班飛行的安全性、舒適性、穩定性都將得到進一步提高，自然條件惡劣的機場如拉薩貢嘎機場也將具備雙向儀錶起降和夜航能力。
3月20日 《中國民用航空國內航線航班經營許可規定》施行。
3月21日 民航總局印發《關於深化民航改革的指導意見》。《意見》指出，民航深化改革的指導思想是，以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，貫徹黨的十六大和十六屆三中、四中、五中全會精神，堅持以人為本，牢固樹立和落實科學發展觀，以創新的思維、進取的勇氣、務實的精神，著力解決影響民航發展的深層次矛盾和問題，進一步健全完善與社會主義市場經濟和國際民航發展趨勢相適應的民航管理體制和運行機制，建設新一代民用航空運輸系統，推進我國從民航大國向民航強國的跨越。民航深化改革將重點圍繞改善和加強行政管理，改進和加強行業宏觀調控，改革和調整市場管理，指導和推動企業、機場深化改革，調整和改進科研、教育制度等五個方面展開。
3月31日 中國航空運輸協會在北京舉行民用航空運輸銷售代理資格認可啟動儀式，宣佈《中國民用航空運輸銷售代理資格認可辦法》（以下簡稱《資格認可辦法》）正式實施。此舉標誌著我國航空運輸銷售代理業管理方式由行政審批、政府管制模式向協會認可、自律管理模式的轉變。
4月7日 民航總局召開治理商業賄賂專項工作電視電話會議。民航總局黨委書記、局長楊元元作講話，民航總局黨委委員、副局長李軍宣讀了《民航開展治理商業賄賂專項工作實施方案》，民航總局黨委委員、副局長王昌順宣佈了民航治理商業賄賂專項工作領導小組成員。中央治理商業賄賂專項工作領導小組和國務院國有資産監督管理委員會的有關負責人出席了會議。會議由民航總局黨委委員、紀委書記嚴智澤主持。
4月10日 飛越中國的IATA-1航路啟用。
4月10日—12日 民航總局楊元元局長在北京會見了美國聯邦航空局第一副局長斯特吉爾，雙方就加強兩國在民航領域的合作進行了廣泛、深入的交流。民航總局楊國慶副局長與斯特吉爾副局長一行就開展新一代航空運輸系統（NGATS）方面的交流與合作進行了會談；民航總局王昌順副局長就雙方在航空安全、飛行標準、適航管理和空中交通管理等方面具體合作事宜進行了會談。楊元元局長、王昌順副局長和斯特吉爾副局長還共同出席了中美航空節能研討會。
4月14日—15日 民航總局黨委召開擴大的黨委中心組理論學習會，學習胡錦濤總書記在“兩會”上關於深化改革的重要講話精神，進一步研究如何通過深化改革解決民航在快速發展過程中遇到的新問題。會議還請國家發改委綜合改革司司長范恒山作了有關改革的專題輔導報告。
4月18日 民航總局與美國聯邦空管局正式簽署了《中華人民共和國政府和美利堅合眾國政府關於在進出對方國境的本國航班上部署空中警察並開展相關合作的諒解備忘錄》，開啟了中美之間航空保安領域空警執法和培訓合作的計劃。
5月30日 教育部正式批准同意中國民用航空學院更名為中國民航大學。8月26日，中國民航大學舉行揭牌慶典，民航總局局長楊元元與天津市市長戴相龍共同揭開了中國民航大學的銀色校牌。
同日 東航4架大型運輸飛機承載著1036名滅火官兵和數十噸設備，執行了一次從大西南到大東北的緊急運兵任務，這是建國以來首次大規模武警森林部隊的南兵北調。
6月1日 全國開始試行由國家稅務總局統一監製的航空運輸電子客票行程單作為旅客購買電子客票的付款、報銷憑證，試行期為兩年。各航空公司自行設計使用的電子客票報銷憑證即時廢止。
6月8日 國家發展和改革委員會、空中客車公司聯合發佈，A320系列飛機中國總裝生産線選址天津。
6月14日 兩岸客運包機節日化框架性安排開始實施。
6月19日—30日 國際民航組織對我國民航及北京、西安和昆明機場進行航空保安後續審計。
6月20日 民航總局召開民航模擬奧運預演活動電視電話會議。民航總局楊元元局長、楊國慶副局長和嚴智澤紀委書記出席了會議。楊元元局長對民航模擬奧運預演活動的任務進行部署，對預演活動的考評等工作提出具體要求。
同日 民航總局召開了全國民航飛行隊伍管理工作座談會。6月27日印發了《關於進一步加強民航飛行隊伍管理的意見》。
6月23日 民航總局與香港特區政府經濟發展及勞工局就內地與香港間的航空運輸作出了新的安排，進一步開放兩地的空運市場。
7月1日—9月30日 民航各單位在北京首都機場舉行了為期3個月的模擬奧運預演活動，預演參加單位包括首都機場、華北空管局及所有在首都機場運營的內地航空公司內地、港澳、國際定期航班、加班包機，包括國際、港澳和中轉銜接航班，1號和2號航站樓之間相互中轉銜接的航班，駐首都機場聯檢單位海關、邊檢、檢驗檢疫、武警三支隊等單位也參加了此次預演。
7月3日 民航總局局長楊元元與西藏自治區人民政府主席向巴平措簽署了《關於加快西藏民航發展的會談紀要》。
7月4日—10日 民航總局局長楊元元率領工作組前往西藏阿裏地區，現場踏勘阿裏機場備選場址索麥和昆沙，並召開場址審定會，最終確定了阿裏機場場址。
7月6日 中國南方航空股份有限公司正式在國內率先開通了網上自助辦理登機手續服務。
7月20日 台灣中華航空公司一架編號為18707的B747－400全貨機安全降落在上海浦東國際機場，揭開了兩岸不經第三地中轉的專案貨運包機業務新篇章。
7月31日—8月2日 民航總局局長楊元元在青海省省長宋秀岩、副省長馬建堂的陪同下，到玉樹藏族自治州就三江源機場項目進行專題調研，現場踏勘玉樹三江源機場場址。
8月15日 民航總局黨委集中學習了《江澤民文選》，並對全系統學習《江澤民文選》作出部署，要求民航各級黨組織和廣大黨員、幹部職工進一步增強學習貫徹“三個代表”重要思想的自覺性和堅定性，用“三個代表”重要思想和科學發展觀統一思想和行動，積極推進民航“十一五”規劃和民航強國戰略的實施，促進民航事業持續快速協調健康發展。總局機關各部門和部分直屬單位的主要領導也參加了學習。
8月16日 翡翠國際貨運航空公司正式開航儀式在深圳舉行。
8月17日 中國民航第一個外籍飛行員分部——深圳航空公司飛行部外籍飛行員分部成立。
8月18日 國航8.19億A股在上海證券交易所上市。
9月1日 世界上飛行難度最大的機場之一西藏林芝機場順利通航。
同日 民航總局批復同意中國民用機場協會登記註冊；10月11日，經民政部批准，中國民用機場協會正式成立。
同日 昆明機場正式啟用了公共自助值機櫃臺（CUSS），成為國內首家提供此項服務的機場。
9月5日 民航總局黨委研究決定，進一步調整民航總局機關內設機構。
9月7日 四川康定機場開工儀式在四川省甘孜州康定縣折多山舉行。康定機場海拔高達4243米，為世界第二高海拔機場（僅次於西藏昌都邦達機場，該機場海拔為4334米）。
9月14日 一架搭載著一名台灣男性患者的公務機在廣州白雲國際機場起飛，1小時50分鐘後直達台北機場。這是急救專案包機首次直航海峽兩岸。
9月15日 民航總局黨委研究空中交通管理體制改革問題，進一步明確了政事分開、一體化運作的改革方向，決定成立空管改革領導小組和籌備辦公室，負責空管改革工作。
9月22日 中國民用航空飛行學院成立五十週年。國務委員陳至立、中共四川省委書記張學忠發來賀電，民航總局局長楊元元、四川省省長張中偉等領導出席慶典並作講話。
9月25日 華夏、吉祥兩家民營航空同日首航。
9月28日 民航總局印發《中國民用航空發展第十一個五年規劃》。
9月29日 民航總局黨委召開擴大的黨委中心組理論學習會，進一步學習《江澤民文選》，及溫家寶總理9月4日在國務院電視電話會議上的重要講話，傳達省部級領導幹部深化行政管理體制改革專題研討班的精神，研討如何積極推進民航政府職能轉變、管理創新，大力加強民航總局機關自身建設。
同日 台灣長榮航空公司BR712航班載著306名旅客從台北飛抵上海浦東國際機場，順利完成了2006年兩岸中秋包機首航。這也是兩岸客運包機從春節擴展到清明、端午、中秋等傳統節日後的第一個節日包機。15時15分，飛機滿載著316名回台北歡度中秋佳節的台灣同胞，準點從浦東機場起飛返臺。
10月19日 武漢航空運輸綜合改革試點工作聯合領導小組第一次會議在武漢召開。民航總局局長楊元元和湖北省省長羅清泉共同簽署了《中國民用航空總局、湖北省人民政府關於加快湖北民航事業發展的合作備忘錄》，中共中央政治局委員、湖北省委書記俞正聲出席簽字儀式。民航總局副局長楊國慶在會上宣讀了《中國民用航空總局、湖北省人民政府關於成立武漢航空運輸綜合改革試點工作聯合領導小組的通知》，會議審議通過了《武漢實施民航運輸綜合改革試點工作方案》。
10月25日 在巴黎召開的第59屆國際航空安全年會上，國際航空界著名的飛行安全基金會授予了中國民航總局局長楊元元航空安全終身成就獎，以表彰他為提升中國民航的航空安全水平以及為推動國際航空安全工作作出的突出貢獻。
10月26日 中國東方航空集團公司在武漢天河機場向民航博物館捐贈了一架已經退役的運七-100型飛機。
10月28日—11月13日 民航圓滿完成中非合作論壇北京峰會暨第三屆部長級會議各項航空運輸保障任務。
11月22日 民航總局與歐洲航空安全局簽署了與空客公司合作項目的諒解備忘錄，為空中客車320飛機天津總裝線提供適航支持環境。
12月10日 國航CA907航班從北京起飛，經停西班牙首都馬德里，飛向遙遠的南美洲——巴西聖保羅，這是中國與南美之間開闢的第一條空中航線。
12月18日 杭州蕭山國際機場合資公司正式成立。民航總局局長楊元元和浙江省委書記習近平在杭州共同為合資公司揭牌。
12月26日—27日 全國民航工作會議在北京召開，民航總局局長楊元元作了《深入貫徹落實科學發展觀，推動民航又好又快發展》的工作報告。楊元元在工作報告中指出，要深刻認識民航發展與經濟社會發展的關係，正確把握我國民航發展所處的“成長期加速階段”的特徵，把堅持又好又快發展作為全面落實科學發展觀的本質要求。他指出，要大力構建和諧民航，把保障航空安全作為建設和諧民航的著力點，把抓好航班正常作為建設和諧民航的切入點。會議討論了《民航總局黨委關於建設和諧民航的指導意見（討論稿）》。會前，國務院副總理曾培炎聽取了楊元元局長代表民航總局領導班子作的工作彙報，並對民航工作作了指示。
12月28日 國務院批准對民航機場管理建設費使用政策進行調整，擴大使用範圍。
12月30日 南航開通北京經阿聯酋的迪拜到達非洲尼日利亞拉各斯的航線。這是南航開闢的第一條飛往非洲的航線，也是目前中國民航唯一的一條中非航線。
2006年，全行業共完成運輸總週轉量305.8億噸公里，比上年增長17.0％；完成旅客運輸量15967.8萬人次，比上年增長15.5％；完成貨郵運輸量349.3萬噸，比上年增長13.9％。2006年中國民航定期航班運輸總週轉量（不含港、澳）在國際民航組織締約國中排名第2位。2006年全行業完成通用航空作業飛行9.2萬小時，比上年增長8.3%。至年底，定期航班航線總條數為1336條，通航里程211.35萬公里（不重復距離）。定期航班國內通航140個城市（不含台灣、香港、澳門），內地37個城市通航香港，5個城市通航澳門。國內航空公司經營國際定期航班通航42個國家的91個城市。截至2006年底，民航全行業運輸飛機期末架數為998架，比上年底增加135架。全行業在冊運輸飛機平均日利用率為9.48小時，比上年提高0.1小時；正班客座率平均為73.5％，比上年提高2.0個百分點；正班載運率平均為65.7％，比上年提高0.7百分點。2006年全行業航班正常率平均為81.59%。2006年全行業累計實現主營業務收入2685億元，利潤總額90億元。2006年全行業沒有發生運輸飛行事故。2006年全行業固定資産投資260億元。2006年我國與緬甸、阿富汗、阿爾及利亞正式簽署航空運輸協定。民航總局第二研究所研發的《民航機場生産運輸指揮調度系統》榮獲2006年度國家科技進步二等獎。
二○○七年
1月11日—12日 全國民航航空安全工作會議在京召開。楊元元局長作了講話，王昌順副局長作了題為《認清形勢，強化責任，創新機制，狠抓落實，努力創造更長的安全週期》的工作報告。
1月16日—18日 民航總局黨委召開了擴大的中心組理論學習研討會，學習十六屆六中全會精神和胡錦濤總書記、溫家寶總理在中央經濟工作會議上的重要講話，進一步討論了《民航總局黨委關於貫徹黨的十六屆六中全會精神建設和諧民航的意見》。會議結合民航實際，深入研討了如何通過加強宏觀調控和市場監管，健全、完善民航公平有序競爭的市場環境，促進民航科學發展，更好地為全黨全國工作大局服務。會議邀請了中央政策研究室經濟局局長李連仲等同志作了輔導報告。
1月18日 中組部任命李健同志為中國民用航空總局黨委委員。1月26日，國務院任命李健同志為中國民用航空總局副局長。
1月23日 全國小型機場管理座談會在山西運城召開。民航總局局長楊元元出席會議並作講話。經過本次會議討論，民航總局于3月正式下發了《關於進一步促進小型機場發展的若干意見》。
1月25日 民航總局黨委印發《關於貫徹黨的十六屆六中全會精神建設和諧民航的意見》。
3月4日—5日 百年未遇的特大暴風雪襲擊東北，民航總局緊急啟動應急預案，東北民航各單位幹部職工臨危不亂，團結奮戰，取得了抗雪救災的全面勝利。3月15日，民航總局隆重表彰了瀋陽桃仙國際機場抗雪救災先進集體和個人。
3月20日—4月3日 國際民航組織對我國民航進行了為期15天的安全審計。結果表明，我國民航執行國際標準與建議措施的符合率為87%，在已經接受審計的46個國家中排名第三。
4月29日 民航總局副局長高宏峰在第三屆兩岸經貿文化論壇上，代表民航總局宣佈了5項促進兩岸民航往來的新政策。
5月3日 中國民用航空總局精神文明建設指導委員會印發《關於進一步加強和改進全國文明機場創建工作的意見》。
5月9日—10日 以“全球民航業的和諧與發展”為主題的2007年中國民航發展論壇在北京舉行，來自世界各國政府、國際組織、航空企業的領導人和專家出席了會議。民用航空總局局長楊元元在論壇上發表了“中國發展新一代民用航空運輸系統的願景”的主旨演講。
5月18日 民航空管體制改革專題工作會議在京召開，民航空管體制改革正式啟動。
5月22日 民航總局局長楊元元和美國運輸部交通部部長瑪麗·彼得斯在第二次中美戰略經濟對話期間宣佈，雙方就修改2004年中美民用航空運輸協定議定書、擴大兩國航空運輸市場準入達成協定。 7月10日，民航總局局長楊元元和美國運輸部交通部瑪麗·彼得斯部長在西雅圖正式簽署了新的中美民用航空運輸協定議定書。
5月29日 南航宣佈首次招收自費飛行學員，這是對航空公司傳統的招飛模式的變革。
6月14日 《民航總局關於解決當前安全突出問題的若干意見》下發，明確了今年下半年和今後一段時間民航安全工作的重點。10月8日，又下發了《關於解決當前安全突出問題的補充意見》。
6月27日 中央紀委、中央組織部中央國家機關第二巡視組到民航總局開始進行巡視工作。
7月1日—9月30日 民航有關單位在首都機場舉行了第二次“模擬奧運演練活動”。演練活動以2007年7月至9月間舉辦的各項好運北京體育賽事及相關奧運重大會議航空運輸保障為主要內容，主要圍繞航空安全、旅客服務和航班正常工作進行。部分國外航空公司也參加了此次活動。
7月4日 民航總局下發《關於調控航班總量、航空運輸市場準入和運力增長的通知》。
7月14日—15日 民航總局黨委中心組組織召開理論學習研討會，進一步學習領會胡錦濤總書記6月25日在中央黨校重要講話精神，結合民航實際，深入研討如何在實際工作中把民航廣大黨員幹部的思想和行動統一到講話精神上來，堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹和落實科學發展觀，始終不渝地在中國民航發展中貫穿“四個堅定不移”。中央國家機關第二巡視組組長黃智權、石生龍到會指導，民航總局機關部分司局和民航系統有關單位的主要領導也參加了理論學習研討會。此次理論學習研討會還邀請了原中央黨校副校長楊春貴同志作了題為《提高總攬全局的戰略思維能力》的輔導報告。
8月6日 由國航、東航、上航、南航、海航5家航空公司共同實施的“京滬空中快線”開飛。
8月8日 民航總局舉行民航迎奧運倒計時一週年動員誓師大會，號召全行業廣大幹部職工迅速行動起來，更加積極地投身民航奧運保障籌備工作，確保為2008年北京奧運會提供安全、高效、便捷、優質的航空運輸服務。
8月19日 全國反劫機工作會議在大連召開。中共中央政治局委員、國務院副總理曾培炎出席會議並講話。國家處置劫機事件領導小組副組長、民航總局局長楊元元主持會議。國家處置劫機事件領導小組辦公室主任、民航總局副局長王昌順作了工作報告。
9月1日 《民航航班時刻管理暫行辦法》開始施行。同時，《民航航班時刻管理試行辦法》廢止。
9月2日 東航與新加坡航空公司、淡馬錫控股（私人）有限公司在上海簽訂戰略合作框架協議。
9月9日 中國民航實現連續安全飛行33個月零18天、870萬小時，突破了中國民航歷史上最好的安全紀錄。自2004年11月22日至今，中國民航飛行總量比歷史上最長的安全週期增長了2.2倍，飛機日平均起落架次比歷史上最長的安全週期增長了兩倍，達到12000架次。
9月22日 在加拿大蒙特利爾舉行的國際民航組織第36屆大會上，中國以歷史上最高票連任國際民航組織一類理事國。
9月25日 首都機場三條跑道同時運行試飛成功。
9月26日 在民航總局精神文明建設指導委員會的領導下，由中國民用機場協會承辦的全國文明機場創建活動成果揭曉。此次創建活動的考評歷時兩個月，全國44家吞吐量在100萬人以上機場接受了現場考評。經過社會公示，獲得全國文明機場稱號的16家機場，以及獲得“全國最佳服務質量機場”、“全國最佳餐飲服務機場”、“全國最佳購物服務機場”、“全國最佳候機環境機場”等4個單項稱號的機場受到表彰。
9月28日 民航總局與江蘇省人民政府在無錫就加快江蘇省民航建設和發展有關問題進行會談。江蘇省委書記李源潮、省長梁保華會見了民航總局局長楊元元一行，楊元元、梁保華分別代表雙方簽署了《關於加快江蘇民航發展的會談紀要》。從2005年4月至2007年9月，民航總局先後與天津、山西、新疆、河北、四川、內蒙古、陜西、雲南、湖南、河南、西藏、青海、重慶、甘肅、寧夏、湖北、安徽、福建、廣西、黑龍江、吉林、江西、江蘇等23個省（區、市）簽署了關於民航發展的會談紀要。
10月5日 周恩來總理對民航工作作出“保證安全第一，改善服務工作，爭取飛行正常”重要批示50週年。民航總局局長楊元元在中國民航報發表署名文章《光輝批示，非凡歷程——紀念周恩來總理對民航重要批示五十週年》。
10月15日 民航代表楊元元、高宏峰、李家祥、郭為民、高宗祿、陳峰、龔復義、吳爾愉、王惠參加中國共産黨第十七次全國代表大會。
