為進一步加強林業生態工程建設資金的使用與管理，提高資金的安全性、規範性和有效性，財政部和國家林業局在原《重點地區天然林資源保護工程建設資金管理規定》（財基字[1999]92號）及《林業重點生態工程建設資金管理暫行規定》（林計發[2002]261號）的基礎上，針對近年來在資金檢查中發現的主要問題，以及預算管理體制、資金撥付方式改變的實際情況，根據《中華人民共和國預算法》、《基本建設財務管理規定》（財建[2002]394號）等有關法律、法規和規章制度，結合林業生態工程特點，聯合製定出臺了《林業生態工程建設資金管理辦法》，該辦法的主要內容包括：

    一、明確了林業生態工程建設資金的概念

    《辦法》所指林業生態工程建設資金，是指用於天然林保護工程、退耕還林工程、三北和長江流域等防護林體系建設工程、京津風沙源治理工程、野生動植物保護及自然保護區建設工程、濕地保護工程、林木種苗工程、重點森林火險區綜合治理工程等的中央預算內固定資産投資補助資金（含國債項目資金）。

    二、明確了林業生態工程建設資金預算下達的方式和管理要求。

    財政部依據有關規定審核、下達林業生態工程建設資金預算，中央本級項目預算下達中央單位；補助地方項目預算，下達省級財政部門，同時抄送國家林業局。省級財政部門在收到中央財政預算文件後，商同級林業部門按規定及時審核下達預算。林業生態工程建設資金實行“先審核，後下達預算”的辦法，財政部門按有關規定對不符合要求的項目可以暫緩或停止下達預算。預算下達後，必須嚴格執行。未經批准，任何單位和個人不得擅自調整。對確需調整的，應嚴格按照預算調整的相關規定執行。補助地方林業生態工程的中央預算內固定資産投資補助資金要納入地方同級財政預算管理。

    三、規定了林業生態工程建設資金的支出範圍。

    林業生態工程建設資金必須嚴格按照國家批復的總體規劃、實施方案或初步設計確定的建設內容和標準安排使用，主要用於：前期工作、科技支撐、封山（沙）育林、人工造林、飛播造林（含飛後管護）、森林防火、野生動植物保護及保護區基礎設施建設、種苗補助、建設單位管理費、招投標費等。

    各地區、各單位不得以任何方式擠佔、截留、滯留、挪用建設資金。

    四、明確了林業生態工程建設資金監督檢查的重點，強調了有關責任追究的要求。

    《辦法》規定各級財政部門、林業部門要加強對林業生態工程建設資金的監督和檢查。對發現的問題，要按照有關規定做出檢查結論，並將相關情況上報財政部和國家林業局。對造林任務完成情況；實際造林方式、樹種與作業設計比較情況；種苗費、整地費、撫育費等合同簽訂情況；建設單位管理費；待核銷基建支出；地方財政配套資金到位情況；政府採購和招投標情況等進行重點審核。

    《辦法》強調凡違反規定，弄虛作假，騙取、擠佔、滯留、挪用資金或項目未按規定實施的，除將已撥付資金全額收繳國庫外，各級財政部門要立即停止對建設單位所在地區的資金撥付，直至糾正。對有關責任人要根據《財政違法行為處罰處分條例》（國務院令第427號）等有關規定進行處理並依法追究行政責任。