國家863計劃現代農業技術領域進一步完善了水稻和家蠶的功能基因組研究技術平臺，在保持我國基因組研究國際地位的同時，提升了競爭能力。

    我國在國際上較早地啟動了水稻功能基因組研究項目，“十一五”期間繼續大規模開展水稻功能基因組研究，完善已創建的水稻大型突變體庫，建立了水稻全生育期、逆境、低氮、低磷等條件脅迫的全基因組表達譜，成功研製出水稻全基因組的覆瓦式（Tiling）芯片，進一步提升我國水稻功能基因組研究的整體水平和國際地位，使我國水稻功能基因組研究在國際上形成了明顯優勢。同時作為植物基因組研究的模式植物，水稻功能基因組研究平臺的完善將帶動其它作物如小麥、玉米、棉花、油菜、大豆、花生等作物的功能基因組研究，全面提升我國在作物基因組和遺傳改良領域的創新能力，為農作物品種遺傳改良提供技術儲備和基因資源。

    在“十五”家蠶功能基因組研究平臺的基礎上，成功設計並製作了世界上第一張家蠶的全基因組oligo芯片，共包括22987條基因探針。利用芯片對5齡3天家蠶的精巢、卵巢、絲腺（前中部絲腺、後部絲腺）、表皮、血液、馬氏管、中腸、脂肪體進行了表達譜分析，初步發現了一些與吐絲、免疫防禦、變態發育等過程有關的起重要作用的基因，這些基因的發現為進一步分析家蠶性別決定、抗性、絲蛋白合成等重要性狀相關的功能基因提供了重要信息。同時，基本建成了收集數據最多、各種檢索功能齊備的家蠶功能基因組研究信息平臺。初步建立了以piggyBAC轉座子為載體、顯微注射為手段，各種化性品種為受體的高效家蠶轉基因技術體系，為家蠶功能基因組研究和家蠶育種材料創新打下了良好的基礎。