第十二屆中日科學技術聯合委員會于2008年2月27-28日在日本東京舉行，中國代表團團長、科技部副部長曹健林與日本代表團共同團長、外務省科技合作擔當大使松井靖夫和文部科學省審議官林幸秀共同主持了會議，並在會議紀要上簽字。

    本次會議是去年年底福田首相訪華期間，兩國正式宣佈將中日科技合作聯委會升格為副部長級後舉行的首次聯委會，雙方高度重視，兩國眾多政府部門派員與會。中國代表團成員分別來自科技部、衛生部、水利部、農業部、環保總局、氣象局、林業局、自然科學基金委員會、中科院等部門和中國駐日本大使館。日本代表團成員分別來自外務省、文部科學省、內閣府、總務省、經濟産業省、厚生勞動省、農林水産省、國土交通省、環境省等11個省、廳。

    雙方一致認為，加強中日科技合作有利於構築戰略互惠關係，推動兩國友好關係的發展，有利於兩國的科技進步和經濟繁榮，有利於亞洲和世界的和平與穩定。兩國今後應在互信的基礎上，本著“平等、互利”的原則，加大合作力度，著重開展高水平的合作與交流。

    雙方回顧了上一屆聯委會以來相關部門、相關領域開展科學技術合作的情況，重點介紹了各自發展科技的政策、戰略和計劃，雙方同意將生物技術、生命科學、信息通信、環境、氣候變化、材料、能源、林業、氣象、水資源開發和利用、衛生和醫學、農業、循環經濟、生態保護、核聚變、CDM、社會基礎技術等作為今後科技合作的重點領域。

    雙方一致同意在尖端學科、産業技術等方面加強合作，鼓勵中日雙方的大學、研究機構和産業界積極參與合作。雙方商定將在適當的時候舉辦由兩國大學、研究所和企業參加的高層論壇。

    本屆聯委會上，雙方確定了106個政府間合作項目，與上一屆相比，數量大幅提高。其中涉及納米技術、環境保護及氣候變化、醫療等領域的項目達68個。