在國家科技支撐計劃的支持下，我國良種繁育新技術研究與畜禽品種選育核心群建設發展迅速，已選育出多個重要畜禽水産新品種。

    將分子標記輔助選擇技術、牛羊Ｘ/Ｙ精子分離育種技術、幼畜體外胚胎生産技術、牛羊高效排卵控制技術以及公畜精液長效保存技術等多種技術進行集成創新，建立了牛羊高效選育技術和快速擴繁技術兩大技術體系。初步構建了優質、穩定的體細胞庫，為轉基因動物育種、體細胞核移植，以及幹細胞研究提供優質的細胞材料，形成完備的卵母細胞培養、保存平臺，建立牛、羊、豬的新鮮卵母細胞體外成熟培養體系，獲得國內首例冷凍卵母細胞體外受精犢牛，填補了國內空白。

    通過奶牛生産性能測定、體型外貌鑒定、青年公牛後裔測定等登記中國荷斯坦奶牛頭數達10.1萬頭，性能測定總頭數達到87980頭。選出了56頭有後裔測定成績的優秀種公牛，選育出核心群種子母牛1000頭。通過收集生産性能和DNA樣品，確認了ABCG2、OPN和PRLR等8個影響乳蛋白含量的新功能基因及其多態性位點遺傳標記，組建了高蛋白係核心種子母牛群，選育出10頭高乳蛋白係公牛。開展了三河牛和新疆褐牛的品種資源調查，建立了11000頭三河牛的登記數據庫，形成100頭核心群、10000頭擴繁群的模式；形成了規模為700頭（成母牛）的新疆褐牛育種核心群。應用肉牛線性評分方法，對魯西牛肉根據體型外貌對基礎牛群做出個體選配計劃，組建秦川肉牛開放育種核心群和紅安格斯牛育種核心群。

    利用我國東北民豬、萊蕪豬、淮豬、清平豬、藏豬、北京黑豬、榮昌豬、撒壩豬8個優良地方品種資源選育配套係（品係），從繁殖、肉質、生産等性能和飼料轉化率等對作為母系的8個地方品種進行了測定。通過對褐殼蛋雞和白殼蛋雞純係進行持續選育改良，形成了2個各具特色的優質高産蛋雞新品種（配套係）。新培育的白羽肉鵝新品係具有繁殖性能優良、早期生長速度快、成年或上市時全身羽毛純白等優點，既適合産業化肉鵝生産企業和各種肉鵝生産者，也可用於羽絨生産或兼顧羽絨生産。

    在水産新品係選育方面，建立了49個尼羅羅非魚家係，鯉F2選育家係81個和對照家係19個，牙鲆半同胞家係和全同胞家係63個，大菱鲆28個父系半同胞家係，64個母系全同胞家係。建立了中國對蝦48個全同胞家係，其中包括7個半同胞家係，4個F2代家係；篩選出抗高氨氮的家係13個，抗高pH的家係16個。建立斑節對蝦同胞家係44個、半同胞家係22個。建立了35個青蝦家係，培育了75個凡納濱對蝦抗WSSV家係。獲得了馬氏珠母貝8個家係和1個選育群體。

    在牧草、特種動物新品種選育方面，進行了優質高産抗逆苜蓿和飼料作物新品種選育，培育出牧草新品種科爾沁尖葉胡枝子，2006年通過牧草新品種審定。創制了家蠶抗NPV病毒、天然綠色繭、低練減率品種3個育種素材，選育了長絲長高品位生絲三眠蠶品種“蘇科×四季”，確定了適合於夏秋季飼養的家蠶品種雜交組合4個；選育出優質、高産、適合條桑收穫的桑樹品種2個，在江蘇、浙江、內蒙古等省（區）進行了中試種植。對高癸烯酸蜜蜂種群進行了篩選和閉鎖繁育，已完成核心群60群，癸稀酸含量超過1.8%。