2008年兩岸清明包機于4月2日至8日順利實施，兩岸11家航空公司在北京、上海、廣州、廈門和台北、高雄6座城市間共執飛了21個往返航班，運送台灣同胞及其眷屬5341人，平均載客率為73%。其中，大陸航空公司運送2228人；台灣航空公司運送3113人。

    今年是繼2007年之後第二次實施兩岸清明包機，參加的航空公司有大陸的國航、東航、上航、南航和廈門航空，以及台灣的華航、華信、長榮、立榮、復興和遠東航空公司。以上海航班最多，共計14個往返航班，是大陸航點中航班數量最多的一個。

    包機期間，大陸民航各有關公司和相關部門依然高度重視，認真對待，從飛行、地面保障和空防安全等各方面進行了精心準備，全方位予以保障。航空公司選派了經驗豐富、技術過硬，具備飛台灣包機經驗的飛行員、乘務員和機務人員以確保飛行安全和服務質量，並在各有關機場和空管單位的全力配合下，再次為臺胞乘客提供了安全、準點、順暢、優質的航空運輸服務，圓滿完成了此次兩岸清明包機任務。

    據媒體報道，兩岸清明包機自去年開始實施以來深受臺胞的歡迎，省時省力，方便快捷，實實在在地幫助他們解決了往返兩岸祭祖掃墓的問題。同時他們也對清明包機時間跨度太小表示了遺憾，強烈要求兩岸週末包機能儘快成行。媒體輿論還呼籲，希望兩岸包機進一步擴大航點、增加班次，擴大搭乘對象，切實滿足兩岸民眾的實際需求。