為加強庫區水污染防治工作的領導，重慶市成立了以市長任組長、分管副市長任副組長的主城區排水工程建設領導小組和由分管副市長任組長的三峽庫區水污染防治領導小組。各區縣（自治縣）成立了相應的組織工作機構，以加強對水污染防治工作的領導。為落實責任，重慶市編制了《重慶市〈三峽庫區及其上游水污染防治規劃〉（修訂本）實施方案》，明確了市級部門和有關區縣（自治縣、市）政府的責任。

    一是認真調查，精心組織庫底固廢清理，並通過了市級初驗。成立了市三峽水庫四期蓄水庫底清理領導小組，由市環保局牽頭負責固體廢物清理的技術指導、監督及驗收工作。通過廣泛宣傳動員、抓好固體廢物清理技術規範的學習和培訓、實行旬報制度、召開調度會、加強現場督查指導、落實資金等措施，確保了固廢清理順利進行。

    二是加強指導和檢查督促，嚴格檢查驗收。為指導各地按照國家有關部門的要求圓滿完成三峽工程三期蓄水水污染的驗收工作，市環保局印發了《關於開展三峽庫區四期蓄水環境保護專項驗收的函》，對檢查驗收的範圍、內容、標準、程序和時間安排都做了具體要求。6月28日至7月5日，對三峽庫區四期蓄水涉及區縣（自治縣）的環境保護專項驗收工作進行了抽檢。

    三是認真落實環境應急預案，防範環境風險。開展了重點環境安全隱患企業的應急預案檢查及環境風險的排查，規範並落實環境風險評價等制度。加強突發環境事件應急預案體系建設。制定了《重慶市重特大環境污染和生態破壞事故災難應急預案》和《重慶市三峽庫區流域突發環境污染事件應急專項預案》等規章制度。建立健全了環境應急聯動機制，構建了市級與區（縣）級、環保部門與企業之間的應急聯動網絡體系。開展了環境應急演練，嚴格執行環境污染事故報告制度，建立和完善環境應急考核體系。妥善處置各類環境事件，化解環境風險。開展了地震災害次生環境污染防範和應對工作。