為貫徹落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要》配套政策“對科研課題及經費的申報、評審、立項、執行和結果的全過程，建立嚴格規範的監管制度”精神，進一步規範中央財政科技經費管理，提高資金使用效益， 2008年9月，科技部啟動國家科技計劃課題經費審計工作。本次審計是科技部“十一五”期間開展的第一次針對課題經費使用情況的監督檢查。審計範圍包括863計劃、973計劃和支撐計劃中的重大、重點項目，共涉及86個項目，706個課題，財政專項資金40多億元。

    本次課題經費監督檢查主要採取委託會計師事務所現場審計的方式進行。堅持“主動服務，服務前移”的工作理念，通過查找課題承擔單位經費管理和使用過程中存在的重點問題和突出矛盾，分析原因並有針對性提出改進和加強管理的意見和建議，督促課題承擔單位落實規定、完善制度、堵塞漏洞、改進管理，提高單位相關人員遵守財經法規的自覺性和主動性。

    為提高審計工作質量，9月25日，科技部召集參加審計工作的會計師事務所相關人員進行了專門培訓。審計工作預計將於12月結束。對審計發現的問題，科技部將按照《國家科技計劃和專項經費監督管理暫行辦法》的有關規定，提出處理意見，下達監督檢查意見書要求單位整改落實，記錄單位和當事人的信用，並通過適當的方式向社會公告。