據農業部組織專家會商分析，預計2009年全國農作物重大病蟲害總體為偏重發生年，發生面積約60億畝次，比上年增加5%左右。其中，小麥條銹病、稻縱卷葉螟、稻飛虱、水稻螟蟲、草地螟、玉米螟、棉鈴蟲仍將嚴重發生，小麥赤霉病、稻瘟病、油菜菌核病有潛在流行威脅，玉米粗縮病、水稻條紋葉枯病等病毒病呈發生範圍擴大、程度加重態勢，東亞飛蝗等在重點蝗區仍將出現高密度點片。
針對今年農作物病蟲將普遍偏重發生的嚴峻形勢，農業部早在去年底開始，就組織各地開展了冬季病蟲防控行動，加大了對重大病蟲監測力度；從2月中旬開始，建立了發生與防控信息週報與發佈制度；對於小麥條銹病等重大病蟲，加強了工作督導和技術指導，確保各項防控措施落到實處。隨著氣溫回升，各種病蟲防治工作將陸續進入關鍵時期，農業部還將分類制定並印發重大病蟲防控技術方案，召開會議進行專門部署，指導各地科學、有效地開展防控工作。
小麥病蟲害總體程度重於上年，發生面積9.7億畝次，比上年增加4.6%。其中，條銹病在西南、漢水流域、西北麥區偏重或大流行，黃淮海主産麥區有中度以上流行的可能，發生面積5000萬畝以上；白粉病在西南、黃淮麥區偏重發生，發生面積1億畝；紋枯病在長江中游、江淮、黃淮麥區偏重發生，華北麥區中等發生，發生面積1.3億畝；赤霉病在江淮、長江流域、黃淮部分麥區可能偏重流行；穗期蚜蟲在黃淮海及北方大部麥區偏重以上程度發生，全國發生面積2.3億畝；吸漿蟲在黃淮海麥區中等或偏輕發生，發生面積4000萬畝。
水稻重大病蟲害繼續呈嚴重發生態勢，發生面積14.8億畝次，比上年增加6.5%。其中，稻飛虱在長江以南大部稻區大發生，發生面積4.4億畝次；稻縱卷葉螟在江南、長江中下游、西南東部和華南部分稻區大發生，發生面積3.8億畝次；水稻螟蟲在華南北部、江南、長江中游、西南中北部和東北部分稻區偏重發生，發生面積2.65億畝次；稻瘟病在西南、東北以及江南和華南部分稻區中等發生，發生面積8400萬畝次；條紋葉枯病在長江中下游粳稻區呈大流行態勢，北方稻區發生範圍繼續擴大，發生面積2200萬畝；紋枯病在全國大部稻區偏重發生，發生面積2.9億畝。
棉花病蟲害總體程度與上年相當，發生面積約4.1億畝次。其中，黃河流域東部和北部、長江中游及新疆棉區棉鈴蟲主害代偏重發生，魯西北和新疆局部棉區大發生，全年發生面積1.05億畝次；棉盲蝽在黃河流域和長江流域大部棉區偏重發生，發生面積8000萬畝次；棉蚜在黃河流域棉區北部、西部和新疆棉區偏重發生，發生面積7500萬畝次；棉葉螨在新疆棉區偏重發生，黃河和長江流域棉區中等發生，發生面積5000萬畝次；煙粉虱在長江流域部分棉區大發生，新疆吐魯番、和田等地偏重發生，發生面積2500萬畝；枯萎病在黃河流域、長江流域棉區偏重發生。
玉米病蟲害總體中等發生，發生面積8.3億畝次。其中，玉米螟發生面積將達2.6億畝次，一代幼蟲在東北春玉米種植區偏重至大發生，華北、黃淮海和新疆中等發生；棉鈴蟲在華北、黃淮夏玉米種植區中等至偏重發生，發生面積5800萬畝；粗縮病在黃淮、華北部分夏玉米種植區偏重發生，發生面積達1700萬畝；大、小斑病在東北、黃淮、西南等部分地區中等發生，發生面積7900萬畝；小地老虎等地下害蟲在山西、河北、四川、雲南的部分地區偏重發生，發生面積7400萬畝。
雜食性害蟲草地螟一代幼蟲在內蒙古中部和西部、河北和山西北部、黑龍江大部大發生，內蒙古東北部、吉林和遼寧西北部、新疆阿勒泰地區等偏重發生，發生面積8000萬畝；東亞飛蝗夏蝗在環渤海灣沿海、黃河中下游灘區和華北湖庫蝗區中等發生，發生面積1260萬畝，達標面積922萬畝，與去年基本持平。河北滄州，山東東營、濱州，天津大港，河南開封等地可能出現高密度點片；新疆蝗區亞洲飛蝗中等發生，農區發生面積135萬畝，阿勒泰、塔城局部將出現高密度點片；西藏飛蝗在四川、西藏、青海高海拔地區大部偏輕發生，發生面積150萬畝，但金沙江、雅礱江河谷地帶局部有大發生的可能；北方農牧交錯區土蝗仍將在內蒙古大部、河北和山西北部、新疆天山北部和東部、黑龍江中西部、吉林和遼寧西部等地偏重發生，發生面積7000萬畝次。
油菜病蟲害總體中等發生，發生面積1.2億畝次。其中，菌核病在長江中下游油菜産區偏重發生，西南大部、黃淮油菜産區中等發生，發生面積5200萬畝；蚜蟲在西南、長江中游部分地區中等發生，發生面積3600萬畝。
馬鈴薯晚疫病在西南、華北、西北冷涼山區和華中局部地區偏重發生，華南、東北和內蒙古大部地區中等發生，發生面積2600萬畝。
蔬菜、果樹病蟲害總體中等發生。其中，蔬菜病蟲害發生面積5.0億畝次，比上年增加10%-15%，露地蔬菜蟲害重於病害，設施蔬菜病蟲並重；果樹病蟲害發生2.3億畝次，比上年增加7%-10%%，其中蘋果腐爛病在陜西、山西、山東等老果區偏重發生，輪紋病在遼寧果區偏重發生，柑桔介殼蟲、銹壁虱中等發生。
