4月29日，交通運輸部發出緊急通知，要求各級交通運輸部門和企業高度重視並加強組織領導，按照《突發公共衛生事件交通應急規定》制定應急預案，在當地政府的統一領導下，與衛生、質檢等有關部門密切配合、齊心協力做好豬流感預防預控工作。

    通知要求，各級地方交通主管部門、運輸企業要按照國家和地方政府的部署，認真做好與來自疫區人員有關的港站、交通工具等人感染豬流感疫情的監測檢查工作，發現咳嗽、頭痛、發燒等疑似感染豬流感病毒症狀人員，要立即通知衛生、質檢等部門並採取排查和臨時隔離監控措施，同時配合相關部門對相關交通工具進行強制消毒，嚴防疫情傳入。

    有關單位要儘量控制車船駛往疫區，對必須前往疫區的，要做好宣傳教育，採取必要的防控措施。對來自北美等疫區船舶進行重點檢查，發現疑似感染病毒人員，立即通知衛生、質檢、邊防等相關部門，並配合相關部門做好來自疫區船舶船員的入境管理及船舶消毒工作。要加強船舶排放壓載水的管理，對來自疫區船舶，要通過代理提前通知船方在進入我國領海前更換壓載水，進入領海後不得排放，確保清潔壓載。

    通知強調，各級交通運輸部門和企業要做好防疫緊急物資和人員的運輸保障工作，建立定期報告制度，一旦發生疫情，要做到運力充足，保證防疫物資和人員及時、快速轉運。要督促客運站、客運碼頭做好運輸工具及場站內部的清潔、消毒和通風工作，有效預防各類疾病的發生和傳播。要通過發放宣傳畫冊等方式對旅客進行疫情防控宣傳。