為進一步推動治淮工程建設進程，保證工程質量和度汛安全，2009年5月10日至15日，由水利部建設與管理司副司長孫獻忠帶隊，建管司、安監司、水規總院和淮委等單位有關同志組成的水利部治淮工程建設督導組，對安徽、江蘇和山東3省的治淮骨幹工程建設進行了現場檢查。

    督導組一行先後實地察看了白蓮崖水庫、魏老河水庫除險加固、淮北大堤加固、韓中駱堤防加固、湖西大堤加固插花段及西股引河和南四湖湖內等工程現場，聽取了3省水利廳、相關市縣及有關單位情況彙報，認真了解治淮骨幹工程建設進展情況，並與被檢查單位交換了意見。

    督導組指出，淮委和流域各省按照2009年治淮骨幹工程建設目標，加強組織領導，強化督促檢查，及時協調解決工程建設中的重大問題，狠抓建設進度和工程驗收，取得明顯成效。治淮骨幹工程建設進展順利，工程質量、安全得到有效保證，工程進度和投資控制較好。至4月底，治淮19項骨幹工程中，11項通過竣工驗收，3項全面完成，3項基本完成，2項工程正全面實施；共完成投資404.49億元，佔2003年估算總投資的90.5%；淮河干流上中游河道整治及堤防加固工程補充、沂沭泗河洪水東調南下續建湖西大堤加固工程可行性研究報告得到批復。但是也存在地方配套資金不能及時足額到位、部分項目竣工驗收工作相對滯後、部分工程安全生産存在隱患、個別省界矛盾工程遺留問題久拖不決等問題。

    督導組強調，治淮工程建設進度總體上相對滯後，下一階段任務依然繁重，要順利實現2009年治淮骨幹工程掃尾建設目標，還需要有關各方的不懈努力。淮委和流域各省要進一步加強組織協調，落實相關責任，採取得力措施，創造良好的施工環境，全面推進治淮工程建設；要加快工程建設進度，加強工程建設管理，確保工程質量；要高度重視安全生産工作，加大安全生産隱患排查力度，防止發生重特大安全生産事故；要加強在建工程安全度汛工作，明確相關責任，落實各項措施，確保工程安全度汛；要狠抓竣工驗收工作，加大協調力度，落實驗收計劃，做好各項準備工作，保證2009年治淮工程驗收目標順利實現；要抓緊完成水管體制改革工作，保證工程運行步入良性軌道，確保治淮工程長期發揮效益。

    5月14日，督導組在山東省微山縣主持召開沂沭泗河洪水東調南下南四湖湖西大堤加固蘇魯省界插花段及西股引河工程建設協調會議，研究解決工程建設遺留問題。經協商，會議達成一致意見，江蘇、山東兩省均表示，為確保南四湖地區防洪安全，要進一步發揚顧全大局、團結治水的精神，不折不扣地落實議定事項，抓住當前有利的施工時機，全面完成湖西大堤加固省界插花段及西股引河工程，儘早發揮工程的整體效益。按計劃，湖西大堤加固省界插花段及西股引河剩餘工程將於5月下旬恢復施工，6月底前全部完工。為確保工程順利實施，淮委和江蘇省、山東省水利廳將成立協調組，進駐施工現場，協調督促工程建設。