6月20日，廣東省衛生廳通報，出入境檢驗檢疫機構入境檢疫發現並轉交5例甲型H1N1流感確診病例。6月23日，國家質檢總局通報了所屬深圳檢驗檢疫局在入境檢疫時發現上述5例病例並及時轉交地方衛生部門隔離診治的經過。

    通報稱，患者，男性，14歲，美國籍。從美國三藩市乘坐CX879航班抵達香港機場，于6月18日晚21時55分乘坐粵Z GH17港商務車經皇崗口岸入境。患者入境時體溫檢測正常，深圳檢驗檢疫局現場檢疫人員在醫學巡查的過程中，發現該患者咽部充血、扁桃體Ⅰ°腫大。流行病學調查結果顯示該患者入境前有頭痛、咳嗽等症狀。現場檢疫人員立即將患者轉送指定醫院隔離診治。

    6月19日，深圳檢驗檢疫局醫學實驗室、深圳市疾控中心均報告患者甲型H1N1流感病毒核酸陽性。 6月20日，廣東省衛生廳通報，該患者為輸入性甲型H1N1流感確診病例。

    另外4例確診病例來自兩個同行來深的印尼家庭。其中兩人為兄妹，另兩人為姐弟，包括他們父母一行共8人，均為印尼籍，于6月16日從印尼乘坐AK381航班抵達香港，6月17日乘坐TRALEL號班輪抵達澳門，6月18日18時從澳門乘坐XGA107班輪抵達蛇口口岸客運碼頭。口岸檢疫人員發現四名患者體溫異常增高，分別為37.8℃、39.2℃、38.6℃、38.2℃（均為腋溫）。4名患者的《健康申明表》均申明無任何不適，醫學檢查兩名女性患者面色潮紅，其餘未見異常。鋻於4人來自疫區、發熱，口岸檢疫人員立即按規定將其轉送深圳市第三醫院隔離治療。同時將其密切接觸者4人移交地方衛生部門實施指定地點醫學觀察，同船所有人員登記信息交地方衛生部門。

    6月19日，深圳檢驗檢疫局醫學實驗室、深圳市疾控中心均報告患者甲型H1N1流感病毒核酸陽性。6月20日，廣東省衛生廳通報，該4名患者為輸入性甲型H1N1確診病例。