6月21日，福建省衛生廳通報出入境檢驗檢疫機構發現4例甲型H1N1流感確診病例，分別為福建省第47、48、50、51例確診病例。6月23日，國家質檢總局通報所屬廈門出入境檢驗檢疫局在入境檢疫時發現上述病例並及時轉交地方衛生部門隔離診治的經過。
通報説，福建省第47例、48例確診患者均為女性，林姓，中國籍，姐妹關係，隨父母一起從夏威夷經日本東京轉乘JL607航班（座位號分別為55C、54A）于6月16日12時30分抵達廈門高崎國際機場，係廈門檢驗檢疫局6月16日發現並轉交衛生部門隔離診治的福建省第43例確診患者念某同航班的密切接觸者。
6月16日入境後，第47例患者林某某（姐姐，20歲）在通過入境檢疫查驗通道時，廈門檢驗檢疫局現場檢疫人員在醫學巡查的過程中發現林某某略顯疲乏，經水銀溫度計測得其腋下體溫為37.9℃。鋻於林某某來自發現有甲型H1N1流感病例的國家，伴有發熱症狀，現場檢疫人員初步判斷其有甲型H1N1流感染疫嫌疑，立即將該患者轉送至指定醫院進行隔離診治。第48例患者林某（妹妹，14歲）因繫念某和其姐林某某的密切接觸者，由廈門檢驗檢疫局轉交地方衛生部門作進一步醫學觀察。
第50例確診患者，毛某，女，2006年9月出生，阿根廷籍；第51例確診患者，Weng某，女，2009年1月，阿根廷籍。兩名患者同時搭乘同一航班隨家人從阿根廷布宜諾斯艾利斯經馬來西亞吉隆坡轉乘MH390航班于6月16日13時45分抵達廈門高崎國際機場入境。入境時，兩患者經紅外測溫儀時均顯示體溫異常。檢疫人員立即將她們引導至醫學排查室進行水銀溫度計腋下體溫復測、流行病學調查和醫學排查。結果顯示，毛某的腋下體溫為37.8℃並伴有咳嗽症狀，Weng某的腋下體溫為37.9℃並伴有咳嗽、流涕症狀。鋻於兩名嬰幼兒均來自發現有甲型H1N1流感病例的國家，並有發熱和急性呼吸道症狀，檢疫人員初步判斷其有甲型H1N1流感染疫嫌疑，立即將該2例患者轉送至指定醫院進行隔離診治。
據福建省衛生廳通報，20日，福建省疾病預防控制中心對以上4名患者的咽拭子樣本進行檢測，結果均為甲型H1N1流感病毒核酸陽性。福建省衛生廳專家組對患者進行會診，判定為甲型H1N1流感確診病例。
