為了探索農業科技支撐現代農業發展的“治本”之策，近年來，農業部與財政部、國家發展和改革委員會、科技部等中央有關部門以及各有關地方政府一起，深入研究解決農業科技管理和科技投入的重大體制機制問題，研究解決科技支撐農業産業發展、保障糧食安全和食品安全的根本途徑，下大力氣促進農業産學研用等各方面的大聯合、大協作，以求取得大突破、大成果。

    針對傳統科技管理和組織方式的弊端，農業部等立足提升國家和區域創新能力，著力構建50個主要農産品的現代農業産業技術體系。其顯著特點是：以農産品為單元，以産業為主線，按照優勢農産品區域佈局規劃，依託具有創新優勢的中央和地方科研力量與科技資源，圍繞産業發展需求，建設從産地到餐桌、從生産到消費、從研發到市場各個環節緊密銜接、環環相扣的現代農業産業技術體系。截止到2009年，50個農産品的現代農業産業技術體系在全國範圍內建立産業技術研發中心50個，下設功能研究室231個，建立綜合試驗站970個；共聘用將近2000人，包括首席科學家50人，崗位專家945人，綜合試驗站站長970人，這些人員來自全國311個農業科研教學單位，其中來自科研單位的佔63.5%、教學單位的佔21.7%、企事業單位的佔14.8%，切實體現了科技上中下游一體，做到了産學研用緊密結合，使農業科研力量得到了優化整合，提升了整體合力。

    為建立産學研用結合、中央和地方結合、不同機構和地方科技人才相結合的鏈條式的行業科技創新體系，農業部等組織實施了公益性農業行業科研專項。截止到2008年底，共立項支持農業行業應急性、培育性、基礎性科研項目93項，來自全國中央和地方所屬的科研、教學、推廣單位的2000多名科研人員參與了行業科研項目。此外，為集中全國優勢科技人員和科技資源集中力量解決轉基因科技重大問題，農業部等還組織實施了轉基因科技重大專項。在選題、立項、評審等各個環節中，農業部積極加強與其他相關部門之間的聯合，強調不同領域和學科專業的專家之間的協作。以2008年為例，當年立項的重大課題共涉及全國194家承擔單位。從課題第一牽頭單位看，高等院校29個，佔47.5%；農業部所屬單位20個，佔32.8%；中科院系統4個，佔6.6%；其他部門和地方單位8個，佔13.1%；企業有26家，佔13.4%，地方育種單位121家，佔62.4%。

    在探索建立多樣化的基層農技推廣模式的實踐中，近年來，農業科研教學單位、農民專業合作社、農業專業服務組織、農業企業以及科技特派員、農業專家大院、農技110、農村科技合作社等多元化的農村科技服務不斷涌現、發展並壯大，引導了一大批科技人員深入農村一線服務，有效支持了農業科技創新要素向重點農産品的産業發展集中，加快了農業科技創新成果向現實生産力的轉化。不僅如此，為了吸引更多農業院校教學科研人員和大學生深入實踐，服務農民，農業部等還通過與教育部共建中國農業大學、南京農業大學、華中農業大學等八所高校，加大對高校開展農業科技推廣的投入，共同探索對基層農技人員、鄉村幹部、農業種養大戶、農民專業合作社帶頭人開展多種形式繼續教育和培訓的機制等。

    此外，按照上述思路，農業部還大力加強各方面的農業科研管理創新，在其他科技項目如跨越計劃、948引進計劃、國家科技支撐計劃、中央級公益性科研院所基本科研業務費等專項計劃項目的組織實施中，開展選題立項、運行管理、績效評估等方面管理方式的創新，進一步強化産業需求導向，統籌中央和地方的優勢資源，促進産學研用緊密結合，推動形成農業科技大聯合、大協作的局面。