農業部高度重視颱風防禦工作。8月4日“莫拉克”生成後，農業部迅速以明傳電報形式下發了緊急通知，要求可能受颱風影響的省（區、市）農業部門，密切關注颱風動態，加強應急值守，提前部署防禦，抓好措施落實，最大限度減輕颱風影響和損失。8月6日下午，農業部又緊急召開了防汛抗旱領導小組會議，傳達貫徹回良玉副總理重要批示和國家防總會商會精神，宣佈啟動防颱風三級應急響應，進一步部署落實“莫拉克”防禦措施。

    當前，東南沿海地區正值夏秋農業生産的關鍵季節。中稻正在陸續抽穗揚花，晚稻移栽尚未結束，強風暴雨將對水稻生産造成不利影響；水稻病蟲害正處於高發易發期，動物疫病即將進入秋季流行期，颱風帶來的氣流和高溫高濕將加重動植物疫病蟲害的流行；東海海域正在伏季休漁，港內漁船較為集中，部分漁港難以抗禦強風，面臨遷港壓力；南海海域休漁結束後大批漁船已經出海，颱風可能危及出海漁船和漁民人身安全；東南沿海養殖魚排、網箱設施和養殖人員比較密集，都面臨著颱風的嚴重威脅。“莫拉克”帶來的強風暴雨將給農業生産造成嚴重影響。

    農業部對“莫拉克”防禦工作進行了再部署、再落實。要求各有關單位和各級農業部門務必高度重視，對颱風可能造成的影響要有足夠認識和充分準備，迅速落實三級應急響應的相關工作措施，確保防禦工作部署到位、措施到位。

    一是迅速將回良玉副總理的重要批示精神和國家防總的部署傳達到相關省（區、市）農業部門，對防禦工作進一步提出明確要求。

    二是立即派出兩個由司局級負責同志帶隊的防臺工作組，深入浙江、福建防臺第一線，重點督促落實漁船回港避風和人員上岸避險等漁業防臺措施。待颱風登陸後，根據受災情況，再適時派出救災工作組和專家指導組，幫助災區評估災情、恢復生産。

    三是做好漁船回港避風和人員上岸避險工作，要通知到船，落實到人，不落一船，不漏一人，隨時掌握漁船回港和人員上岸的動態情況，確保在颱風登陸前全部安全轉移。對正處在集中休漁期且防風能力不足的漁港，要迅速做好漁船遷港避風工作。

    四是抓緊搶收成熟作物，加固溫室大棚等栽培設施，及時疏浚田間溝渠，防止發生大面積內澇。

    五是加強水稻“兩遷”害蟲監測預報，提早做好防控準備。落實動物秋防免疫措施，防止災後重大動物疫病暴發流行。

    六是加強應急值守，堅持24小時值班，確保信息暢通，實行災情日報制度，及時調度反映防臺措施落實和颱風影響及損失情況。