按照國務院的統一部署，為全面準確客觀地掌握糧食庫存的真實情況，2009年4月至8月，國家開展了全國範圍的糧食庫存清查工作，目前已順利結束。清查結果表明，2009年3月末全國國有糧食企業糧食總庫存4508億斤（原糧），賬實相符率為99.7％，質量總體良好，質量合格率為97.1％，宜存率為99.1％。總庫存中超過一半以上的糧食為2008年收穫的新糧，庫存品種結構更加合理，區域佈局進一步改善。

    這次全國糧食清倉查庫工作實行自上而下部署組織，自下而上進行全面清查。國家成立了由發展改革委牽頭，監察部、財政部、農業部、審計署、國家質檢總局、國家統計局、國家糧食局、農業發展銀行和中儲糧總公司10個部門和單位共同組成的全國糧食清倉查庫部際聯席會議，負責總體組織協調。地方省、市、縣人民政府也成立了相應的領導機構，負責對轄區內國有及國有控股糧食企業糧食庫存進行徹底清查。

    這次糧食庫存清查分為縣級政府組織督導企業自查、市（地）級政府進行全市普查、省級政府進行復查、國家部際聯席會議成員單位聯合抽查和檢查結果匯總整改等階段。清查工作以2009年3月末為檢查時點。按照“有倉必到、有糧必查、有賬必核、查必徹底”的原則，對檢查人員實行統一抽調、集中培訓、混合編組、本地回避；採取隨機抽查、突擊檢查和暗查相結合的方式，對轄區內國有及國有控股糧食企業庫存的中央事權糧食、地方儲備糧和企業商品糧實行“在地檢查”；對檢查工作底稿和檢查報告逐級簽字確認，實行嚴格的責任追究制度，同時，加大涉糧案件查辦力度，各級監察、審計和糧食等部門都設立了舉報電話，部際聯席會議和省級清倉查庫領導小組共受理群眾舉報154件，其中與糧食庫存管理有關的93件已全部查結，基本屬實的14件，對有關責任人進行了嚴肅處理。

    這次糧食庫存清查工作，堅持公開透明，主動接受新聞媒體和人民群眾監督。各級政府共邀請6375名人大代表和政協委員現場督導清查工作，提高了清查工作的透明度和公信力。

    這次糧食清倉查庫結果表明，全國糧食庫存管理總體良好，管理水平逐年提高，檢查時點糧食庫存數量真實，質量良好，儲存安全。但糧食庫存管理還存在一些問題和薄弱環節，主要是一些企業庫存管理基礎工作比較薄弱，個別企業管理粗放，存在執行政策不規範，少量政策性糧食質量較差等。對檢查中發現的問題，各地及時提出了整改意見並認真督促落實。

    目前，全國糧食清倉查庫部際聯席會議已對下一步工作做出具體安排，要求各地、各有關部門以此次清倉查庫為契機，認真總結經驗，深入組織調研，進一步完善政策，理順體制機制，強化管理措施，逐步建立健全糧食庫存監管長效機制，推動糧食庫存管理水平再上新的臺階，夯實糧食宏觀調控物質基礎，確保國家糧食安全。