2009年10月25日，在科技部基礎司的委託下，科技部基礎研究管理中心組織專家對醫學免疫學國家重點實驗室進行建設驗收。基礎研究司、基礎研究管理中心、總後衛生部科訓局及第二軍醫大學等單位相關負責同志參加會議並講話。浙江大學鄭樹森院士任專家組組長。

    會上，專家組聽取了實驗室主任曹雪濤教授所做的建設驗收報告，第二軍醫大學科研部張從昕教授代表依託單位介紹了相關支持情況。專家組還現場考察了實驗室，並與實驗室人員進行了座談。

    經過驗收，專家組認為：在科學研究方面，實驗室已形成了富有特色的學術思想和研究方向，並取得了一系列得到免疫學界高度評價的創新性成果。實驗室還將基礎研究的結果積極應用於臨床，療效甚佳。在人才培養方面，實驗室採取引進與培養並舉的措施，切實加強團隊建設，成效顯著。形成了一支結構合理、充滿活力、團結協作、具有創新能力的學術團隊。實驗室還充分發揮學術委員會的作用，重視國內外學術交流與合作，制定和完善了一系列重要規章制度。設備運行和開放使用效率高，為實驗室的創新研究提供了有力支撐。

    最後，專家組認為，醫學免疫學國家重點實驗室按計劃順利完成了建設任務，實現了預期建設目標，大家一致同意通過驗收，並提出要進一步擴大實驗室在國際學術界的影響等建議性意見。