2009年11月5日，科技部、上海市人民政府在上海舉行了2009部市工作會商會議。全國政協副主席、科技部部長萬鋼，中共上海市委副書記、市長韓正出席會議並講話。上海市副市長沈曉明主持會議。

    萬鋼部長在講話中充分肯定了上海市科技工作，特別是在優化科技創新環境、承擔國家重大科技任務、科技支撐經濟社會發展等方面所取得的成績。他指出，面對上海發展的新形勢、新機遇，科技部將深入貫徹落實科學發展觀，以部市會商為平臺，進一步加強與上海市的合作與互動，促進上海科技創新。希望上海認真貫徹落實《國務院關於發揮科技支撐作用，促進經濟平穩較快發展的意見》，進一步營造良好的科技創新環境和氛圍，加強“世博科技”成果的應用和展示，切實抓好重大專項的實施，推動新能源、新材料、新能源汽車、生物醫藥、第三代移動通信、三網融合等新興戰略性産業，加強科技服務民生和生態環境等工作，加快長三角區域創新體系建設和區域協同發展，為創新型國家建設作出突出貢獻。

    韓正説，當前上海正處在結構調整和經濟轉型的關鍵時期，必須更加注重經濟運行的質量和效益、更加注重民生工作、更加注重環境建設，這些工作都需要得到科技部的大力支持、幫助和指導。上海將在部市合作框架下，進一步深化與科技部的合作領域，不斷完善合作機制，創新合作形式，加快推進創新型城市建設。下一步上海推進五個重點領域的工作：服務國家戰略目標，全力以赴承接和實施國家重大專項任務；培育戰略性新興産業，不斷加強前瞻科技佈局；實施技術創新工程，努力推進高新技術成果轉化；深化張江高新區“二次創業”，著力優化科技創新創業環境；編制好上海“十二五”規劃，精心謀劃部署新一輪部市合作重點。

    在過去一年中，經雙方共同推進，部市合作工作取得重要進展。一是世博科技成果的集成應用讓世博更精彩。如半導體照明、新能源汽車、節能建築等技術和産品的應用示範，為低碳世博提供支撐。二是上海在國家重大專項中承擔重任，集成電路、重大新藥創制等專項的攻關取得實質進展。三是下一代廣播電視網，城市醫療信息共享服務系統等成果在擴內需、保增長、調結構、上水平、惠民生中發揮重要支撐作用。四是研發加計扣除、自主創新産品政府採購等創新政策的落實，以及研發公共服務平臺創新創業服務功能的拓展和完善，進一步優化了創新創業環境。

    會上，科技部與上海市圍繞“加快培育戰略性新興産業”、“開展崇明生態島綠色經濟試點示範”、“全面實施技術創新工程”、“進一步完善創新創業環境”等合作重點，進行了深入的溝通並達成了一致的意見。