4月14日8時，衛生部接到地震局通報，青海省玉樹藏族自治州玉樹縣發生7.1級地震。衛生部對此高度重視，迅速成立了由衛生部部長陳竺和黨組書記張茅任組長，三位副部長任副組長，部相關司局和單位為成員單位的衛生部青海省玉樹地震衛生應急領導小組。領導小組立即召開會議，啟動自然災害衛生應急一級響應，分析研究災區醫療救治和衛生防疫工作形勢和任務，部署調動全國衛生力量開展醫療衛生救援工作。

    截至14日18：00時，衛生部門已派出青海、四川、西藏、甘肅共5支287人的醫療衛生救援隊伍攜帶醫藥物資趕赴災區，其中青海省123人的隊伍和四川甘孜州71人的隊伍已到達災區開展傷員救治工作。衛生部還在全國組織了18支396人的專家組和60支1320人的醫療救援隊伍隨時待命。根據本次地震造成重大人員傷員、血液供應必然緊缺的情況，衛生部指導青海省和玉樹州衛生部門做好血液採集和緊急供應工作，同時通知有關省份做好調運血液支援災區的相關準備。同時，衛生部已要求中國疾病預防控制中心對災區鼠疫防控形勢進行分析評估，並將迅速組織落實防控措施，有效防範鼠疫暴發和流行。