對於留守兒童這個特殊群體，近年來重慶市已將農村留守兒童接受義務教育納入公共教育體系，各區縣和學校都成立了農村留守兒童領導機構，採取了各種各樣的措施，努力讓留守兒童都過上幸福生活。

    從2006年開始，重慶市將農村義務教育階段留守兒童全面納入“兩免一補”（免課本費和住宿費，補助生活費）受益範圍。2009年，重慶市預算安排義務教育保障經費26.7億元，免除了360.6萬學生的學雜費，為48.96萬農村學校寄宿生給予生活補助，對43萬貧困女童實行“零收費”入學。

    從2009年開始，重慶市政府決定全面免除了重慶籍城鄉低保家庭普通高中學生的學費，惠及重慶市5萬多名低保家庭子女；市財政還投入資金1.4億元，免除5.7萬名就讀中職的留守兒童的學費和住宿費，確保農村留守兒童等弱勢群體不因貧困而失學。

    為解決農村留守兒童教育、管理問題，重慶市政府規劃到2012年，在農村鎮（鄉）政府所在地以及交通方便、適齡兒童較多的集鎮建設2000所農村寄宿制學校。到2009年底，已累計投入資金51.04億元，建成農村寄宿制學校1600所，寄宿農村留守兒童62.5萬人。

    重慶市從2003年開始實施農村中小學現代遠程教育工程，已累計完成投資3.04億元，在40個區縣建成村小教學光盤播放點4822個、農村中小學衛星教學收視點6137個、農村初中計算機教室（多媒體教室）9525間，既讓農村留守兒童享受優質教育資源，又為他們與在外地的父母進行聯絡提供了方便。

    2008年，重慶市投入4250萬為農村小學配置體育器材，規劃三年投入15億建成1000片中小學塑膠運動場，力爭讓每個留守兒童在中學畢業時掌握1-2項體育運動技能、1項藝術特長。