8月8日，衛生部部長陳竺率領衛生部專家組一行13人抵達舟曲縣後，對所有住院傷員進行了檢查和會診。陳竺部長在聽取了衛生部專家組的傷情評估、治療意見和省衛生廳的救治計劃後，做出了將重症傷員轉運治療的決策。

    8月9日中午14時，接到蘭州軍區空運飛行指令後，陳竺部長在省衛生廳廳長劉維忠及甘南州、舟曲縣相關領導陪同下，親自趕赴舟曲縣醫院和飛機降落點指揮傷員轉運工作。在舟曲縣醫院和飛機轉運點，陳竺部長親自指揮傷員轉運工作，並積極幫助抬送傷員。在蘭州軍區空軍的大力支持下，經過近兩個小時緊張工作，9日下午18時許，19名傷員和17名陪員在醫務人員的護送下，搭乘4架直升飛機分別轉運至蘭州和天水進行救治。由於天氣原因，蘭州機場不適於降落，所有傷員于當晚8時許全部安全降落天水市，收住當地醫療機構。省衛生廳派出醫療專家連夜趕赴天水市指導傷員救治工作。另，截至10日上午10:30時，由急救車隊轉運的13名傷員也安全轉運到蘭州進行救治。

    此次傷員轉運後，舟曲縣還有10名輕傷員，將根據傷員傷情和個人意願，隨時轉運蘭州治療。